CIF, özellikle Perl'de uzmanlaşma sürecimde çok önemli bir rol oynadı, bundan önceki yazımda bahsetmiştim. Bu yazıda ise biyoinformatik maceramda rol oynayan birkaç önemli deneyimimden bahsedeceğim.
Bunlardan ilki, üniversitedeki oda arkadaşım Seyit Kuyucu'nun aldığı AutoCAD dersi. İlk defa bir çizim programının konsoldan kullanılabildiğine şahit olmuştum ve şaşkınlıktan dehşete düşmüştüm. İnsanın kafasındaki paradigmalar bir anda yerle bir oluyor ve tekrar şekilleniyor. Ödevlerini nasıl yaptığını ve muhtemel çizimler üzerine yaptığımız tartışmaları hatırlıyorum da, 3 boyutlu düşünme üzerine o zamana kadar hiç karşılaşmadığım problemlerle boğuşmak çok zevkliydi. Bu yaklaşım, özellikle proteinlerin (ve hatta histonlar etrafında organize olan DNA'nın) nasıl mekanizmalarla etkileştiğini anlayabilmek ve bu mekanizmaları hayal edebilmek için çok kıymetli diye düşünüyorum. AutoCAD'i daha sonra yüksek lisans tezimde de kullandım; yandaki figürü sayısal verilerle tamamen doğru orantılı bir şekilde hazırlayabilmek için. Sanatsal yönü biraz eksik ama böyle bir figürü açıları kontrol ederek çizdirebilmek çok kıymetli; bugün olsa SketchUp'ta 3 boyutlu bir figür hazırlardım herhalde (Google SketchUp'ı satmış bu arada).
Diğer önemli deneyimim, API (Application Programming Interface) [uygulama programlama arayüzü] kavramıyla tanışmam. Yani, birileri kendi programına başkalarının kendi tarzlarında erişebilmesi için bir yöntemler dizisi tanımlıyor ve bu şekilde program üzerinde çok büyük oranda kontrol sağlayabiliyorsunuz. KEGG veritabanının API yöntemlerini Perl ile çağırarak otomatik KEGG figürleri oluşturuyordum ve istediğim şekilde renklendirebiliyordum (3 gecede bitirmiştim ve basit bir projeydi ancak daha sonra çok benzer bir projenin makaleye dönüştüğünü öğrendim, yazık oldu.).
Bu yazıda bahsedeceğim son deneyimim ise, Sabancı Üniversitesi'ndeki yaz stajım. Sezerman Lab'da yaptığım bu stajda ilk defa bir ekibin parçası olarak büyük bir projede yer almıştım. Amacımız protein-DNA bağlanma bölgelerindeki aminoasitlerin ortak özelliklerini belirleyerek transkripsiyon faktörlerini [transcription factor] DNA diziliminden tespit edebilecek bir kurallar dizisi keşfetmekti. Veri analiziyle ciddi manada ilk kez bu projede tanıştım; market arabası analiziyle. O sene katıldığım 2 konferansta sunulan posterlerin 6'sında adım geçiyordu, ikisi sonradan makale oldu.
Artık biyoinformatik analiz denildiğinde uygulanabilecek yöntemler ve yaklaşımlara hakimiyet açısından olgunlaşmaya başladığımı hissediyordum; 3. sınıfın yazında Toronto'da gerçekleştirdiğim yaz stajıyla artık yolumu çizmeye karar vermiştim. Bu hikaye bir sonraki yazıda.
Sözün özü:
Kapsamlı bir analiz yapabilmek çok farklı teknikleri bir araya getirebilmeyi gerektiriyor; bu da çoğu zaman alakasız görünen disiplinlerdeki tekniklerle mümkün oluyor.
Proje:
SketchUp'ı bilgisayarınıza indirip içinde bulunduğunuz odanın (dışarıdaysanız, gördüğünüz alanın) 3 boyutlu çizimini yapmayı deneyin. Hem güzel bir zihin egzersizi olacaktır, hem de ileride gerektiğinde kullanabileceğiniz güzel bir aracı zihninizin alet kutusuna eklemiş olacaksınız.
Meraklısına:
Veri analizi [data analysis] üzerine yazılmış çok güzel İngilizce kitaplar var; Bilkent Üniversitesi ve ODTÜ kütüphanelerinde 15 dakikalık bir araştırma sonucunda hem göze hitap eden, hem de kapsamlı kaynaklara ulaşabilirsiniz. Bu konuda yazılmış ve pedagojik prensiplere uygun Türkçe bir kitaba henüz raslamadım; öneriniz varsa paylaşmanızdan memnuniyet duyarım.