Bu dizinin bir önceki yazısından bu yana iki aydan fazla olmuş; özellikle veri analizi yazı dizisi ve sanal staj olayı odağımı tamamen değiştirmiş. Neyse, kaldığımız yerden devam edelim, Toronto'dan.
İçerisinde yer aldığım projenin amacı, kardiyovasküler hastalıkların teşhisinde kullanılabilecek bir dizi biyobelirteç [biomarker] bulmaktı ve model organizma olarak fare kullanılıyordu. Grubun ayrı bir katta yer alan laboratuvar kısmını sadece bir kez gezmiştim ve ilgimi pek çekmemişti; onun yerine, biyoinformatik bölümündeki siyah büyük dolaplar çok daha cezbediciydi: yaklaşık yarım milyon dolarlık bilgisayar altyapısı yer alıyordu! Soldaki resimde bu ekipmanın ufak bir kısmının önünde çekilmiş bir resmim yer alıyor, yanımda yer alan bayan ise stajım boyunca bana danışmanlık yapan biyoinformatik uzmanı Ruth. Bugün bu parayı herhangi bir üniversiteye biyoinformatik analizlerde kullanmak şartıyla bilgisayar altyapısı için hibe edecek olsanız, birkaçı istisna bu parayı harcayacak yer bulamaz (buna absorptive capacity deniyor).
Bu stajın bana kazandırdığı bir başka yetenek ise, farklı bakış açılarını sabitleyerek analiz edebilmek ve birleştirmekti: evet, profesyonel bir fotoğraf makinası ve kaliteli bir tripod almıştım (Türkiye'deki fiyatın neredeyse üçte birine). Mevcut yüksek çıktılı [high-throughput] teknolojilerin (qPCR, mikrodizi [microarray], YNS [NGS] vb.) neredeyse tamamı (Ion Torrent hariç; pH-metre ile çalışıyor) yüksek kaliteli fotoğrafların/videoların çekilmesine ve işlenmesine dayanan en az bir aşama içerir; bu nedenle bir fotoğrafın nasıl çekildiği ve işlendiğine ilişkin bir fikriniz ve bilginiz varsa bir adım öndesiniz demektir. Aynı zamanda, bu yaklaşımları kullanarak soyut veya anlaşılması zor konuları da kolaylıkla anlaşılabilir hale getirebilirsiniz. Örneğin, Normalizasyon Neden Bu Kadar Önemli başlıklı yazımda yer alan sucuk ızgara fotoğrafları kavramı anlatmakta çok başarılı, yüksek lisans tezimde bile kullanmıştım. Bunun yanısıra, verdiğim mikrodizi eğitimlerinde bir mikrodizi üzerindeki ışımaları anlatmak amacıyla da yine kendi çektiğim fotoğrafları üstüste koyarak hazırladığım bir resim kavramın anlaşılmasını oldukça kolaylaştırıyor. Üstte gördüğünüz bu fotoğraf, biri gece, biri ise gündüz çekilmiş iki fotoğrafın üstüste yerleştirilmesiyle elde edildi. Resme tıkladığınızda karşınıza gelecek olan büyük versiyonunda bu detayı rahat bir şekilde görebilirsiniz.Yukarıda yer alan fotoğrafın benim tarafımdan çekildiğine inanmıyor bazen insanlar; Toronto'da kaldığım ev apartmanın 32. katındaydı (ilginç bir şekilde, asansörde 13. kat yer almıyordu) ve muhteşem bir manzarası vardı. Bu sayede, yukarıdaki gibi bir fotoğrafı bükülmeler [distortion] olmadan çekebildim. Evin manzarasını daha geniş haliyle ve yine özel bir fotoğraf yöntemiyle balkondan çekilmiş şekliyle aşağıda bulabilirsiniz.
Toronto'da kazandığım ve fotoğrafla pekiştirdiğim farklı bakış açılarından bakma yeteneği bugün bile etkisini kaybetmedi; biyolojik verilerin ve analiz sonuçlarının karmaşık ancak etkin ve daha iyi anlaşılır bir şekilde gösterilmesi yaklaşımlarını bu sayede kazandım (bir örnek için Cytoscape - 1 yazıma göz atabilirsiniz). Yine aynı şekilde, genelde ezbere ve mantığı anlaşılmadan gerçekleştirilen qPCR analizlerinin nasıl yapıldığı ve bu analizlerin nasıl daha etkin bir şekilde yapılabileceğine ilişkin anlayışı da bu şekilde geliştirdim (en az bir düzine qPCR kullanıcısının cihazın kapasitesinin dörtte birini bile kullanmadığına birçok kez şahit oldum). Tabii bu durumda bizim kültürümüzde çok yönlülüğün pek de hoş karşılanmamasının rolü de büyük; bizim maymun iştahlı dediğimiz insan tipine Google'da generalist diyorlar (bu kavramın anlamı için Wiktionary'de yer alan generalist maddesine, ekşisözlük'te yer alan generalist maddesine veya Forbes'ta yer alan ilgili makaleye bir göz atabilirsiniz).
Her ne kadar Emili Lab'da çalışmak üzere staja başlamış olsam da, o üniversitede beraber çalışma kültürü geliştiği için birçok kez bir başka araştırmacı olan Gary Bader ile ortak ufak projeler gerçekleştirdik (bunların bir kısmını insanlar yüksek lisans tezi olarak sunuyorlar, burada yorum yapamıyorum..). Bu süreçte öğrendiğim en önemli şeylerden biri, biyoinformatik alanında çalışanların da bir lab defteri tutabileceği hatta tutmaları gerektiğiydi. Bilenler bilir: bazen geliştirmekte olduğunuz yazılımda veya yürüttüğünüz analizde gün içerisinde o kadar çok değişiklik yaparsınız ki, bazı şeyleri neden yaptığınızı unutur veya birkaç aşama öncesine gitme ihtiyacı duyarsınız; ne yazık ki geçtiğiniz aşamaları iyi bir şekilde kaydetmediğinizde süreç bir kabusa dönüşür. Bader bunun için bir wiki kullanıyordu; Wikipedia da bir wikidir. Bu sistemlerin en büyük özelliği, herhangi bir programlama dili kullanmadan kendi web sayfanızı yapmanıza olanak sağlaması. Bu sayede, yürütülen her proje için ayrı bir web sayfası hazırlayabilir, projenin her bir bölümü için farklı bir alt sayfa grubu oluşturup hazırladığınız her türlü veri veya dökümanı buradan erişilebilir hale getirebilir, ve daha da güzeli, istediğiniz projeyi istediğiniz kişinin erişimine açarak veya kapatarak tam bir gizlilik de sağlayabilirsiniz. Bundan da güzeli ise şu: bir sayfaya birden fazla kişi içerik ekleyebilir ve her seferinde bu bilgi girişleri veya değişimleri kayıt altına alınır; yani, sayfanın içeriğini örneğin 3 hafta önceki haline getirebilirsiniz. Muhteşem bir araç, ancak ülkemizde biyoinformatik çalışılan neredeyse hiç bir çalışma grubunda buna rastlamadım şimdiye kadar. Yüksek lisansım boyunca Bilkent'te bir wiki sistemi kurmuştum labımız için, AG'de yürüttüğümüz Ar-Ge çalışmalarında da etkin bir şekilde kullanmaya devam ediyoruz.Aşağıda yer alan resim, stajımın son gününde yaptığım sunum sonrasında çekildi. Grup lideri (en solda) ve biyoinformatik grubunun ağır topları birarada.
Ve en önemli şey, en sonda. Bu stajda, dünyada henüz olmayan bir şeyin, yeni bir şeyin, bir grup özel insan tarafından nasıl sıfırdan meydana getirildiğini gördüm. Bu ekibin her ne kadar geçici de olsa bir üyesi olarak bazen tek başıma, bazense ekiple beraber biyoinformatik dünyasını şekillendirebilmek, sadece izleyen değil yolu da açan biri olmak bana büyük bir özgüven kazandırdı. Yapılabilir mi sorusu yerine nasıl yapılır sorusunu sormak arasında büyük bir uçurum var, ve bu staj sayesinde bu uçurumu büyük oranda aşabildiğimi düşünüyorum.
Bu stajda çok şey öğrendim.
Sözün Özü:
Dünyaca ünlü bir ekibin kısa bir süreliğine de olsa üyesi olmak birçok şey kazandırıyor ve hepsinden de önemlisi entellektüel standartlarınızın yükselmesine neden oluyor.
Proje:
Elinize bir kitap alın, ve rastgele 10 - 15 sayfa seçin. Her bir sayfanın başındaki kelimeyi bir kenara not alın ve bu kelimelerin geçtiği bir hikaye kurgulayın, ne kadar saçma olduğu önemli değil. Başta çok zor gelecek ama bir süre sonra kelimeler arasındaki ilişkileri görmeye başlayacaksınız. Farklı bir zihin egzersizi.
Meraklısına:
Birçok wiki sistemi var ve her biri farklı özelliklere sahip. Karşılaştırmaların yer aldığı wikipedia makalesinde bu bilgilere ulaşabilirsiniz. Eğer Mac kullanıcısıysanız, Mac Server adlı sunucu yazılımının (fiyatı 19$) beraberinde gelen bir wiki sunucusu da mevcut; en iyisi değil ama işinizi büyük ölçükte görecektir ve sizi neredeyse hiç uğraştırmayacaktır.