 |
| Hazırladığım web aracından bir ekran görüntüsü |
Dizilim Hizalama [Sequence Alignment] ve BLOSUM62 başlıklı yazımda bahsettiğim BLOSUM matrislerini -ve dolayısıyla aminoasitlerin tür benzerliklerine göre birbirlerinin yerine ne oranda geçebildiğini- sadece sayılarla dolu tablolara bakarak anlamanın ne kadar zor olduğundan bahsetmiştim. Oysa, bu matrisleri ağ olarak görüntülediğimizde ve aminoasitlerin gruplarına göre renklendirdiğimizde büyük resmi görmek çok daha kolay hale geliyor, bunu da yine örnek bir ağ ile göstermiştim.
Yine de, farklı BLOSUM matrislerini teker teker görüntülemek veya her bir biyokimyasal özelliğe göre aminoasitleri renklendirmek hem zahmetli bir iş, hem de bu farklı ağ görüntülerini kafamızda canlandırmak bir hayli zor. Bu sorunların üstesinden gelebilmek amacıyla bir web aracı [web tool] hazırladım.
O anda görüntülemek istediğiniz BLOSUM matrisini ve bu matrisi baz alarak hangi skorlara göre o ağın görüntülenebileceğini seçebiliyor, aynı zamanda her bir aminoasidin gruplara göre renklendirilmesi ve boyutlandırılmasını sağlayabiliyorsunuz. Yaptığım hızlı bir araştırma sonucunda da böyle bir görüntüleme aracının da şimdiye kadar yapılmadığını keşfettim, umarım büyük resmi göstermekte iyi bir başlangıç olur.
Hazırladığım bu web aracı İngilizce, ancak kullanabilmek için herhangi bir bilgiye ihtiyaç duymuyorsunuz, detaylar için de tureng tarzı bir sözlük işinizi görecektir. Bu web aracını nasıl hazırladığıma ilişkin detayları da ilgili sayfanın alt kısmında anlattım, benimle iletişime geçerseniz sizinle de daha detaylı bir şekilde paylaşabilirim.
Web adresi: ahmetrasit.com/blosum/. Güncel bir tarayıcıda (IE, Chrome, Firefox vb.) sorunsuz çalışacaktır. Yukarıda gördüğünüze yakın bir sayfayla karşılaşmazsanız lütfen iletişime geçin.
Sözün Özü:
Bilgiyi görselleştirmek ve bu bilgiyle oynanabilir hale getirmek, çok daha kolay anlaşılmasını sağlar ve bilgi kırıntıları arasındaki bağ çok daha kolay kurulabilir. Geliştirdiğim web aracını kullanarak, protein dizilimlerinin hizalanmasında kullanılan BLOSUM matrislerini ve her bir aminoasidin diğerleriyle olan ilişkisini etkileşimli ve dinamik olarak görüntüleyebilirsiniz.
Proje:
Glycin ilginç bir aminoasit; özellikle düşük BLOSUM matris yüzdelerinde bu aminoasidin birbirinden çok farklı iki gruba nasıl dahil olduğunu keşfedin. Bunun nedeni ne olabilir?
Meraklısına:
Bu web aracını hazırlarken Wikipedia'nın yanısıra birçok web kaynağını da kullandım. Özellikle aminoasitlerin suyu sevip sevmemesi [hydrophobicity] bazı aminoasitler için kesin sınırlarla ifade edilemiyor; renklendirme konusunda tercihlerimi en çok zorlayan konu bu oldu.