Yeni Yazılar & Yeni Yazarlar

Değerli biyoinformatik meraklıları,

Sizlere bir haberim var. Farkettiğiniz üzere bir süredir yazma sıklığım oldukça azaldı, yoğunluğumdan ötürü de maalesef üzerine çok düşemiyorum. Ancak bu blogda yeni yazarlarımızla daha geniş bir alanda daha fazla bilgi paylaşıyor olacağız. Deniz'in yazılarını zaten uzun süredir takip ediyorsunuz ve ben de zevkle okuyorum. Yeni dönemde Deniz'e ek olarak daha geniş bir yazar grubu ile devam ediyor olacağız. Amacımız mümkün olduğunca farklı konularda ve çok da kesişmeyen içeriklerle ilerlemek, ancak hepimizin ilgi alanları eninde sonunda bir yerlerde kesişiyor, bu nedenle bazı zamanlarda bazı konuları çok farklı bakış açılarıyla da okuma fırsatı bulabileceksiniz. Yazarlarımızın kişisel bloglarını da takip etmenizi öneriyorum, onlardan da yeri geldiğinde her bir yazarımız kendisi bahsediyor olacak.

R ile Uygulamalı Veri Analizi-101(R ve RStudio giriş)

Merhabalar, hepimizin kurban bayramını kutlarım. Umarım güzel, dinlendirici bir bayram geçirmişsinizdir. Yazımı yazarken, R dilinin tarihçesinden başlamayı düşünüyordum fakat yazıyı uzatmamak için vikipedi linkini bu bağlantıda sizle paylaşıyorum. İlk öncelikle R'ın kendine ait arayüzünü kullanmayacağımızı söyleyerek başlayayım. Kabul etmek gerekirse özellikle yeni başlayanlar için tam bir kabusa dönüşebiliyor. Gerek veriyi çekmekte gerek ise script yazımı hantallığından dolayı ben tercih etmiyorum. Bir tümleşik geliştirme programı olan RStudio'yu kullanacağız. Daha önce bilgisayarlarınıza R ve RStudio'yu indirmediyseniz bu linke tıklayarak Youtube'dan videolu anlatımını izleyerek kolayca indirebilirsiniz.

R ile Uygulamalı Veri Analizi-101(Duyuru)

Merhabalar, çeşitli sebeplerden ötürü yazmayalı bir hayli oldu. Fakat bu arayı kapatmak için çaba sarf edeceğim. Çeşitli yazılarımla teorik olarak anlattığım istatistiksel analizleri uygulamalı olarak bir yazı dizisinde gerçekleştirmek istiyorum. Bu uygulamalı aşamasında kullanmak istediğim Dünyada artık top listelerde yer alan ve analizlerin büyük bir çoğunluğun kullanıldığı, hesaplama gücü çok gelişmiş ve her gün gelişmekte olan R programlama dilinde yapıyor olacağım. 

Teorik olarak iyi bir alt yapıya sahip olunmadan uygulamanın bir felaket olacağını savunanlardanım. Bu nedenle önceki yazılarımı en azından anlatacağım konu başlığı altında olanları okumanız sizin için çok yararlı olacağını düşünüyorum. Zaman zaman teorik olarak ufak bir giriş yapıyor olsamda yazının %80'i uygulamalı olacak.

Almanya'da Verdiğim D3 Dersi

Uzun bir aradan sonra hepinize merhaba. Yazın gerçekleştirdiğimiz çalışmaları bir ürüne dönüştürmek adına çalışmaya devam ediyoruz, dönemin başlamasıyla da yoğunluklar eski seviyesine yükseldi. İki hafta önce ODTÜ'de ikincisi gerçekleştirilen biyoinformatik kursunda veri görselleştirmeyi ve çok yüzeysel bir şekilde de web tabanlı veri görselleştirmeyi anlattım, yaklaşık 4 saatlik bir zaman diliminde anlatılabileceği kadarıyla.

Veriyi görselleştirmek, her ne kadar Excel'de sütun grafiği çizmek gibi anlaşılsa da, bu sadece çok ama çok ufak bir kısım. Excel'in kabiliyetlerini küçümsüyor değilim, ancak olayın boyutlarının çok daha büyük olduğunu vurgulamak istiyorum. Uzun bir süredir de bu konu ilgimi çekiyor ve ciddi manada zaman ayırıyorum. Hatta bugün sizlerle paylaşacağım şey de bu zihin mesaisinin bir ürünü.

İzmir'de Mayıs ayında İYTE'de gerçekleştirilen ve benim de görüntüleme üzerine bir sunum yaptığım etkinlikte görüntüleme yaklaşımım çok beğenilmişti, ve Almanya'da biyolojik veri görüntüleme üzerine uzmanlaşmış bir çalışma grubundan kullandığım araçları onlara anlatmam için bir davet almıştım. ODTÜ'de gerçekleştirilen kursun hemen sonrasında pazar günü Almanya'ya, Bielefeld Üniversitesi'ne gitmek üzere yola çıktım ve geçtiğimiz hafta boyunca her gün 4'er saat D3 ile görüntülemenin nasıl yapılacağını anlattım. Resmi bir ders kapsamında ziyaretçi öğretim görevlisi (Gastdozent) sıfatıyla lisansüstü öğrencilerine verdiğim dersin başlığı Data Visualization With D3 Workshop, dersin resmi sayfasına da ilgili üniversitenin bu linkine tıklayarak ulaşabilirsiniz. Beni davet eden grubun 3 boyutlu hücre modelleme çalışmalarına ise http://cellmicrocosmos.org/ adresinden ulaşabilirsiniz.

Veri Analizi ve Görüntüleme - 1

Bu yaz boyunca Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirdiğimiz çalışmaları takip edenler farketmiştir, yeri geldikçe bol bol görüntüleme uygulaması yaptık ve D3 adlı JavaScript kütüphanesini kullanarak etkileşimli ve dinamik grafikler oluşturduk. D3'ün nasıl kullanılacağına ilişkin yazıları önümüzdeki haftalarda bu blogda takip edebilirsiniz; bu yazıda görüntülemenin felsefesi  üzerine bir giriş yapmayı planlıyorum.

Doç. Dr. Tolga Can'ın Bioinfonet Sunumu

ODTÜ öğretim üyesi Doç. Dr. Tolga Can'ın 28 Ağustos Perşembe günü 13:30'da gerçekleştireceği "Reconstruction of Signaling Network Topology from Steady State and Dynamic Perturbation Data" başlıklı sunuma kayıt olmak için https://www.bigmarker.com/bioinfonet/01TolgaCanMETU adresini ziyaret edebilirsiniz. Bu yazıyı hazırladığım an itibariyle son dört kişilik yer kaldığını da belirtmeliyim. Bioinfonet projesinin de ilginizi çekeceğini düşünüyorum.

Biyoinformatiğin Önemine İlişkin İbretlik Bir Gelişme

Bu blogu takip edenler bir süredir yaz ekibimle birlikte yürüttüğüm çalışmalara yoğunlaştığımı farketmişlerdir. İstisnasız her gün gece 12'den önce çalışmayı bırakamadığımız bir çalışma temposu içerisinde hızlı bir şekilde ilerlemeye devam ediyoruz, bu durum da bu blogu aksatmama neden oluyor.

Ancak bugün sizlerle geçen hafta sonu keşfettiğim bir durumu paylaşmak istiyorum; bu durum, biyoinformatiğin ne denli önemli ve tamamlayıcı bir alan olduğunun da büyük bir göstergesi bence. Hikaye şöyle: hafta sonu iki öğrencimle (Bihter ve Elif) birlikte 2007 tarihli bir mikrodizi çalışması üzerine yoğunlaştık. Meme kanserinin iki alt tipi üzerine gerçekleştirilen bu çalışmada Affymetrix'in insan transkriptom çalışmaları için geliştirdiği en kapsamlı çipi kullanılmış ve çalışmaya 30 örnek dahil edilmiş. GEO'da GSE5764 olarak kayıtlı bu çalışmanın verileriyle makalenin yayınlandığı tarihten bu yana birçok kez çeşitli şekillerde oynamış ve bu veri üzerinde bireysel projeler gerçekleştirmiştim. O zamanlar sürekli karşıma çıkan bir analiz sonucu, geçen haftasonu da karşımıza çıktı.

Yetenekli Bir Ekip Neler Yapabilir?

Bu yazımda sizlere yaz döneminde gerçekleştiriyor olduğumuz proje/staj programından bahsedeceğim. Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirilen Biyoinformatik Yaz Programı kapsamında birçok başvuru arasından seçilen ve neredeyse hiç programlama bilgisi olmayan 6 öğrenci ile 9 Haziran'da çalışmaya başladık. Biyoinformatik ve bilgisayar dünyasına ilişkin altyapı eğitimlerine paralel olarak Scratch ile programlamaya başladık ve Python ile devam ediyoruz. Ekip olarak geliştirmeyi planladığımız büyük bir projenin yanısıra, bireysel olarak da her bir ekip üyesi kendi projesi ile çalışmaya başladı bu hafta. Program sonunda -büyük veya küçük- çalışan sistemler üretmeyi hedefliyoruz.

Program kapsamında gerçekleştirdiğimiz çok yönlü etkinlik ve çalışmaları yazstaji2014.blogspot.com adresinden takip edebilirsiniz. Her bir günümüzü anlattığımız blogumuzun yanısıra, her bir ekip üyesinin kendi bloglarında yazdıklarını okumak da eminim çok hoşunuza gidecektir. İlgili bloglara da, yazstaji2014 blogunun ana sayfasındaki Bizler Bir Ekibiz! başlığı altından ulaşabilirsiniz.

İYTE'nin Organize Ettiği 3. Uluslararası Biyoinformatik Çalıştayı

21 - 23 Mayıs 2014 tarihleri arasında gerçekleştirilen 3. International Workshop on Translational Bioinformatics and Health Informatics etkinliği (http://wtbm.iyte.edu.tr/) kapsamında bir konuşma yapmak üzere İzmir'deydim. Doç. Dr. Jens Almer'in organize ettiği ve katılımcıların kayda değer bir kısmının Almanya'dan dahil oldukları etkinlik süresince sunumlar kadar kahve aralarında yapılan sohbetler de ilgi çekiciydi.

Yaptığım sunum veri görüntüleme üzerineydi. Birçok araştırmacı ileri düzey analizleri yapabilmesine rağmen bunları başkalarına aktarırken büyük zorluk çekiyor. Bu nedenle fonksiyonel, şık ve akıllıca görselleştirmeler büyük önem kazanıyor. Öyle ki, Ocak ayında Nature Methods dergisinde boxplot gibi basit bir grafik ve bunun için oluşturulan bir web aracı üzerine bir makale yayınlandı. Karmaşık, dinamik ve etkileşimli görselleştirme yöntemleri üzerine yaptığım sunumun ardından Almanya'da bir üniversitede kısa süreli bir ders verme teklifi dahi aldım. 

İletişim Adabı

Bir süredir gelen e-postaların ufak da olsa bir kısmında karşıma çıkan ve rahatsızlık duyduğum bir konudan bahsetmek istiyorum bu yazımda. İnsanın teknik bir konudaki yeteneklerinin gelişmiş olması elbette önemli, ancak insan sosyal bir varlık ve sahip olduğu teknik becerilerinin yanısıra iletişim becerilerinin de gelişmiş olması gerekiyor. Bugün üst üste 3 kez bu tür hatalarla karşılaşınca artık yazmanın zamanı geldi diye düşündüm.

Öncelikle şunu belirtmeliyim: bana ulaşan e-postaların tamamına bazen gecikmeli de olsa cevap vermeye çalışıyorum, herhangi bir cevap alamadıysanız bunun nedeni e-postanızın bana ulaşmamış olmasıdır (SPAM olarak algılanmış olabilir vb.). 

Ancak e-posta yazarken veya telefonla ulaşmaya çalışırken kesinlikle dikkat edilmesi gereken şeyler vardır, bunları kısaca profesyonel hayatın yazılı olmayan kuralları olarak adlandırabiliriz. Aşağıda bahsettiğim kuralları, aslında sizin ne ölçüde dikkatli, gayretli ve saygılı olduğunuza ilişkin gayet önemli göstergeler olarak düşünebilirsiniz.

Veri Analizinde Uygulanan Adımlar - 9 (R Diline Giriş)

Bir önceki yazımda size hava durumu verilerinden bahsetmiş ve kolaylıkla kullanabilmeniz için bazı veriler ile bu verileri elde etmenize yarayacak kısa bir programı paylaşmıştım. Bu yazıda ise R programlama diline hızlı bir giriş yapacağım ve bir programlama dilini öğrenmenin ne kadar kolay olduğundan bahsedeceğim.

R programlama diline giriş yapmadan önce yazılımın doğasından bahsetmek istiyorum. Kendi kendine hareket eden veya belirli bir hareketi sürekli tekrarlayan makinalar üretmenin kıymetini insanoğlu sanayi devrimiyle birlikte hızlı bir şekilde kavradı ve bu tarz sistemler gelişmeye yoğunlaştı. Bir diski sürekli döndürecek bir mekanizma tasarlarsanız ve bu diske bir makara, zincir veya tekerlek bağlarsanız, daha önce hiç ulaşamadığınız hızlara ulaşır veya yine daha önce hiç taşıyamadığınız yükleri taşımaya başlarsınız. Aynı şey sayılar için de geçerli: eğer böyle bir mekanizmayı kabaca dört işlem için de geliştirebilirseniz, o zaman çok karmaşık hesaplamaları insan hatası olmadan gerçekleştirebilirsiniz. Ancak bu tarz mekanik sistemlerin -bence- en büyük problemlerinden biri, sıkı bir şekilde kontrol edilmelerine olan ihtiyaçtır. Yani, bir otomobil motorunu sağlıklı bir şekilde kontrol edemezseniz ya motora, ya otomobile, ya da içerisindeki insana zarar verirsiniz. Aynı şey diğer tüm mekanik sistemler için de geçerli: bir sistemi programlayabildiğiniz ölçüde verim alabilirsiniz. Programlama deyince karşımıza algoritma kavramı çıkıyor.

Yeni Nesil Dizilimleme [Next Generation Sequencing] Teknolojisine Bakış - 3 (Mevcut Teknolojiler)

Yeni Nesil Dizilimleme [Yeni Nesil Sekanslama | Next Generation Sequencing] teknolojisini aslında günümüzde ikinci ve üçüncü nesil olarak sınıflandırmak yerinde olacaktır (açıkçası sınıflandırma konusunda tam bir mutabakata da varılmış değil). İkinci nesil dizilimleme [sekanslama | sequencing] teknolojilerinin temel prensibi, DNA moleküllerinin tekrar sentezleme yoluyla dizilimlenmesi ve bunun katı bir yüzeye bu moleküllerin sabitlenerek gerçekleştirilmesi. Özetle, Sanger'de sıvı ortamın içerisinde tam olarak sabitleyemediğiniz reaksiyonları katı bir yüzeyde her bir reaksiyonu belirli bir bölgeye sabitleyerek gerçekleştirirseniz, ve bu katı yüzeyi de yeterince etkili bir şekilde kullanıp her bir ufacık bölgede bir reaksiyon yürütürseniz, o zaman paralel bir şekilde bir çok dizilimlemeyi aynı anda gerçekleştirebilirsiniz.