ABD İzlenimlerim - 3

ABD'ye ilişkin izlenimlerimi birinci ve ikinci yazılarımda paylaşmaya başlamıştım, bu yazıda ise diğer bir tespitimi paylaşmak istiyorum. Yine yeri geldikçe gözlemlerimi bu başlık altında ilerleyen zamanlarda sizlere aktarmayı planlıyorum.

Bu arada, okuduğunu anlamakta zorlananlar için şunu da belirtmek istiyorum: ABD veya Türkiye'ye ilişkin genellemeler yaptığımda 100 kişinin tamamı bu genellemeye girmiyor. Ancak mesela ABD'de her yüz kişiden 70'i işini en iyi şekilde yapmaya çalışıyorsa, Türkiye'de bunun 10'un altında olduğunu tahmin ediyorum, bu nedenle iki durumu kıyasladığımda bir toplumun diğerinden bu konuda daha iyi olduğunu gözlemlemiş oluyorum.

Gelelim bahsetmek istediğim üçüncü gözlemime: burada insanlar gerçekten de uzmanlığa önem veriyor. Herkes her konunun uzmanı olmaya çalışmıyor, uzman olmadığı konuda bir şey bilmediğinde de gocunmuyor. Toplantılarda insanlar bilgilerini yarıştırıyorlar ve bilgisiz oldukları alanları ünvanlarıyla kapatmaya çalışmıyorlar. Aynı zamanda ünvanlarını karşı tarafın üzerinde bir baskı ve yönetim unsuru olarak da kullanmıyorlar. Bilgili oldukları durumlarda da bunu saklama ihtiyacı hissetmek bir kenara dursun, çatır çatır haklarını arıyorlar. İstisna durumlar ve istisna insanları bu genellemenin dışında tutuyorum.

Yeni Nesil Sekanslama Temel Veri Analizi - 2

Ufak bir uyarıyla başlayalım: YNS analizi karmaşık aşamalar içerir ancak çoğu zaman herhangi bir aşamanın tam olarak nasıl kullanılacağını bilmenizi gerektirmez. Bu nedenle bu ve sonraki yazıları okurken anlamadığınız bir kısım olursa tekrar okuyun, eğer yine de karışık geliyorsa sadece ilgili komutları çalıştırıp devam edin. Tüm süreci genel olarak anladığınızı düşündüğünüzde ilgili kısma tekrar göz atıp en azından ne amaçla kullanıldığını genel hatlarıyla anlamaya çalışın.

Yeni Nesil Sekanslama deneylerindeki en önemli aşamalardan birisi, kütüphane hazırlama aşamasıdır. Yaygın olarak kullanılan Illumina teknolojisinde sekanslanması amaçlanan DNA bölgesi -kullanılacak sarf malzemesinin özelliklerine göre- kısa DNA parçalarına bölünür ve iki ucuna adaptörler takılır. Adaptörler, sekanslanacak DNA parçasının sekanslama yüzeyindeki oligonükleotitlere hibridize olması için kullanılan ve dizilimi özel olarak belirlenen oligonükleotitlerdir. Kütüphane hazırlama aşaması tamamlandığında her bir DNA parçası aşağıdaki gibi bir yapıya kavuşur:

Yeni Nesil Sekanslama Temel Veri Analizi - 1

Birçok Yeni Nesil Sekanslama (YNS) veri çeşidi mevcut ve her biri için farklı bir yaklaşım gerekiyor. Bu yazı dizisinde veriye ilişkin temel özellikleri anlamak üzere yapılabilecek çeşitli yöntemlerden bahsedeceğim. Her bir yazıda, farklı durumlara ve hatta çoğu zaman da biyolojik olmayan verilere de uygulanabilecek araçları tanıtıp örnekler vereceğim.

Biyoinformatik analizleri ve genel anlamda da veri analizini öğrenmek isteyenler UNIX işletim sistemlerini eninde sonunda öğrenmek zorunda kalıyor, eğer Windows kullanıcısı iseniz en kısa sürede bu işletim sistemlerine alışmanızı öneririm. Linux veya Mac OS X işletim sistemlerinden birini edinerek ya da bu işletim sistemlerine sahip -örneğin üniversitenizdeki- bilgisayarlarda yazılarımdaki analizleri gerçekleştirebilirsiniz. Uygulama için şu adresteki örnek FASTQ dosyasını kullanabilirsiniz: http://ahmetrasit.com/fastq/SRR1513652.fastq.gz

ABD İzlenimlerim - 2

İlk yazımda ABD'de gözüme çarpan ilk anahtar kelimenin süreklilik olduğundan bahsetmiştim. Bahsetmeye değer bir sonraki kavram ise kişisel başarının her şeyin üzerinde olması.

İlk bakışta kulağa biraz farklı geliyor, öyle ya, ülkemizde kişisel başarıya gelene kadar çok daha önemli şeyler var. Hatta bir insanın kişisel olarak başarılı olması pratikte pek hoş karşılanan bir durum da değil. Örneğin hepimiz zengin olmak istiyoruz ama varlıklı bir insandan bahsederken bile o kişiyi hoş olmayan kelimelerle anıyoruz: "vay ***, gördün mü bindiği arabayı" gibi. Yıldızla sansürlediğim kısma konulabilecek ifadeler açısından çok zengin bir dilimiz var ve en basit imla kurallarında dahi dili kullanmaya özen göstermezken, bu tür durumlarda sınırları zorluyoruz. 

ABD İzlenimlerim - 1

Bir süre önce 2006 Nobel Ödülü sahibi Craig Mello'nun grubunda kıdemlı biyoinformatik uzmanı olarak göreve başladım. Buraya ait izlenimlerimi mümkün olduğunca objektif bir şekilde sizlerle hayranlık ve nefret uçlarında gezinmeden paylaşmak istiyorum. Öküzün altında buzağı aramanın fazlasıyla yaygın olduğu ve başarısızlığın yeni başarı olarak tanımlandığı bir ortamdan böylesine prestijli bir yere geçmek bana çok iyi geldi, ve yazmaya bu vesileyle tekrar başlamak istedim. 

Çalıştığım merkez ABD'nin kuzey doğusunda yer alan Massachusetts eyaletinde, Worcester şehrinde yer alıyor. Ekonomik büyüklüğün bir ölçüsü olan gayrısafi yurtiçi hasıla açısından baktığımızda bulunduğum eyalet 6.8 milyon nüfusla 474 milyar dolarlık bir GSYH'ye sahipken; Türkiye'nin rakamlarına baktığımızda 80 milyonluk nüfusla 734 milyar dolarlık bir GSYH değeriyle karşılaşıyoruz. Bulunduğum bölge yaşam bilimlerinin silikon vadisi olarak adlandırılıyor, zaten eyaletin en büyük ekonomik unsurlarından birini biyoteknoloji oluşturuyor. Dünyanın en iyi üniversitelerinden MIT ve Harvard'ı da içeren ve Sarmaşık Ligi olarak adlandırılan 8 üniversitenin ortasında yer alıyor.