Cezbedici Biyoinformatik 1 - Veri İşleme ve Linux'un Güzelliği

Çoğu bilgisayar programlamacısının programlamayı deli gibi sevdiklerini biliriz. Eğer severek planladıkları bir proje üzerinde çalışıyorlarsa bilgisayar başında saatlerini geçirirken ne acıkınca acıktıklarının farkına varırlar, ne de yanlarında olup bitenin. Çok iyi bir programlamacı sayılmasam da farkına varmadan 10 saat aralıksız kod başında zaman geçirmişliğim çok olmuştur ve bu ben de programlamayı bu denli sevenler arasına katabilirim kendimi. Peki ya programlayı veya Biyoinformatik'i bu kadar cezbedici kılan ne?

Bu sorunun tek bir cevabı yok elbette. Ama bence en büyük zevklerden biri “akıllıca ve kısaca bir kod ile çokça işler yapabiliyor olma yetisi”nde gizli. :) 100 milyar baz dizisinin her bir satırında istediğiniz değişikliği yalnızca 5-10 harflik bir kod ile bilgisayara anlatabiliyor, ve bu değişikliği 1 saniyede gerçekleştirebiliyor oluşunuz... Söylemesi bile zevk verici. Hele enter tuşuna bastıktan sonra o değişikliği izlemesi… :)

Yeni Yılda Durum Tespiti ve Özeleştiriler

Zaman sonsuz bir döngü ve buna rağmen bu döngüde bazı kırılma noktalarında daha keskin değişimler olmasını bekleriz. Yeni yılın da güzellikler, mutluluklar, başarılar ve huzur getirmesini diliyorum.

Bu blogu oluşturmaya başlayalı iki yıl olmuş. Bu süreç bana çok şey öğretti. Dünyanın en iyi yazarı değilim, yine de ortalamanın üzerinde olduğumu umuyorum. İşin kötüsü, kendimi kıyaslayabileceğim ve bu konularda Türkçe yazılmış başka bir kaynak neredeyse yok, bu nedenle kendimi hangi noktalarda geliştirmem gerektiğine ilişkin de yeterli ipucunu elde edebildiğim söylenemez. Yine de okunma istatistikleri ve yorumlara bakarak neler yapmam gerektiği konusunda fikirler edinmeye çalışıyorum.

Değişen Dünya İçin İstatistik

2014’ün sonlarına yaklaştığımız şu günlerde büyük ihtimalle Google’ın bu yıl en popüler aramaları açıkladığını duymuşsunuzdur. Evrensel olarak en çok aranabilecek konuları düşündüğümde aklıma Ebola ve ALS Ice Bucket Challenge gelmişti ve tahminlerim beni yanıltmadı. Ebola Dünya sıralamasında 3. sırada yer alırken ALS Ice Bucket Challenge ise 5. Sırada kendine yer bulmuş. Listenin tamamına erişmek isterseniz buradan erişebilirsiniz. Hatta Google bunları gruplara ayırmış ve hangi alanda neyin daha çok araştırıldığına bakabiliyoruz. Eğer incelemek isterseniz siteye buradan ulaşabilirsiniz. 

Veri Analizi ve Görüntüleme - 3

Verinin nasıl analiz edildiğini ve görüntülemenin nasıl yapıldığını anlayabilmek, satın aldığınız bir ürünün içindekiler kısmını okuyabilmeye benzer. Yemekten büyük zevk aldığım bir çikolatalı gofreti ele alalım: çok büyük ihtimalle hayatımın hiçbir döneminde kendi başıma bir çikolatalı gofret yapamayacağım; ancak içindekileri okuduğumda bana nelerin sunulduğunu ve bünyeme nelerin dahil olmasına izin verdiğimi anlayabiliyorum. Böylece örneğin mısırdan elde edilmiş bir glikoz şurubu ibaresi gördüğümde, eninde sonunda bir GDO'lu ürüne maruz kaldığımı farkedebiliyorum (GDO'ya ilişkin tartışmalarda bir taraf tutmuyorum, akışına bırakan bir tavır izliyorum). Aynı zamanda, bir çikolatalı gofret yediğimde vücuduma giren karbonhidrat ve yağ oranını da tespit edebiliyorum. Gerçi diyebilirsiniz ki, madem bu kadar dert ediyorsun karbonhidrat ve yağı, neden çikolatalı gofret yiyorsun:) İnsan mantıklı değil duygusal bir yaratık maalesef :)

Herhangi bir grafiğe baktığımızda da birşeyler yemeye benzer bir durum oluşur: nasıl ki vücudumuz yediğimiz şeylerle inşa edilir ve yenilenir, beynimiz de elde ettiğimiz verilerle tekrar şekillenir. Düşüncelerimizi, inançlarımızı, ve hatta o bilginin kategorisine karşı mevcut direncimizi her yeni bilgiyle güncelleriz. Bu konuya ilişkin detaylar için bir sosyal psikoloji kitabının içindekiler kısmına göz atabilirsiniz. Özetle, öğrenme büyük oranda mantıklı değil, duygusal bir süreçtir, ve işin içine duygu girdiği andan itibaren maruz kaldığınız şeyin etkisi de o denli büyük olur.

Veri Analizi ve Görüntüleme - 2

Bu yazımda, geçen yazımda belirttiğim gibi görüntülemenin iki temel fonksiyonundan bahsedeceğim. Bunları çok kabaca analiz ve sunum amaçlı görüntüleme olarak adlandırabiliriz. Her ne kadar iki farklı kategoriden bahsediyor olsam da, aslında bu iki fonksiyonun da iç içe geçmiş olduğunu söyleyebiliriz. Bunun temel nedeni, bir döngü içerisinde birbirlerini sürekli takip ediyor olmaları. Bir örnek üzerinden çok daha rahat bir şekilde açıklayabileceğimi düşünüyorum.

Bu blogda en çok okunan yazıların hangileri olduğunu merak ediyorum diyelim. Ancak en çok okunmaya ilişkin elimde bir tarif, formül veya kriter yok. En çok okunan ilk on yazı diyebilirim mesela, ancak bu durumdaki varsayımım, tüm okunma sayılarının doğrusal bir şekilde arttığı. Gerçek dünyada böyle bir şeye çok nadir rastlanır.

Veri Görselleştirme

Merhaba sevgili biyoinformatiktr okurları,

Ben Osman Türkyılmaz. Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümü mezunuyum. Aynı zamanda Ahmet Raşit Hoca’nın bu yaz düzenlediği biyoinformatik yaz stajı gurubunun bir üyesiyim. Biyoinformatiğe uzun süredir ilgi duyuyordum. Bu yaz stajı sayesinde de bu alanda bir çok deneyim sahibi oldum. Bundan sonra burada sizlerle bir şeyler paylaşmaya çalışacağım. Bunun yanı sıra bir de kendi blog adresim var. Orada da özellikle bu işe yeni başlayanlar ya da nereden başlayacağını bilmeyenler için bilgiler paylaşıyorum. Şuan için özellikle Python (programlama dili) ağırlıklı olan blog sayfama buradan ulaşabilirsiniz.

Yeni Yazılar & Yeni Yazarlar

Değerli biyoinformatik meraklıları,

Sizlere bir haberim var. Farkettiğiniz üzere bir süredir yazma sıklığım oldukça azaldı, yoğunluğumdan ötürü de maalesef üzerine çok düşemiyorum. Ancak bu blogda yeni yazarlarımızla daha geniş bir alanda daha fazla bilgi paylaşıyor olacağız. Deniz'in yazılarını zaten uzun süredir takip ediyorsunuz ve ben de zevkle okuyorum. Yeni dönemde Deniz'e ek olarak daha geniş bir yazar grubu ile devam ediyor olacağız. Amacımız mümkün olduğunca farklı konularda ve çok da kesişmeyen içeriklerle ilerlemek, ancak hepimizin ilgi alanları eninde sonunda bir yerlerde kesişiyor, bu nedenle bazı zamanlarda bazı konuları çok farklı bakış açılarıyla da okuma fırsatı bulabileceksiniz. Yazarlarımızın kişisel bloglarını da takip etmenizi öneriyorum, onlardan da yeri geldiğinde her bir yazarımız kendisi bahsediyor olacak.

R ile Uygulamalı Veri Analizi-101(R ve RStudio giriş)

Merhabalar, hepimizin kurban bayramını kutlarım. Umarım güzel, dinlendirici bir bayram geçirmişsinizdir. Yazımı yazarken, R dilinin tarihçesinden başlamayı düşünüyordum fakat yazıyı uzatmamak için vikipedi linkini bu bağlantıda sizle paylaşıyorum. İlk öncelikle R'ın kendine ait arayüzünü kullanmayacağımızı söyleyerek başlayayım. Kabul etmek gerekirse özellikle yeni başlayanlar için tam bir kabusa dönüşebiliyor. Gerek veriyi çekmekte gerek ise script yazımı hantallığından dolayı ben tercih etmiyorum. Bir tümleşik geliştirme programı olan RStudio'yu kullanacağız. Daha önce bilgisayarlarınıza R ve RStudio'yu indirmediyseniz bu linke tıklayarak Youtube'dan videolu anlatımını izleyerek kolayca indirebilirsiniz.

R ile Uygulamalı Veri Analizi-101(Duyuru)

Merhabalar, çeşitli sebeplerden ötürü yazmayalı bir hayli oldu. Fakat bu arayı kapatmak için çaba sarf edeceğim. Çeşitli yazılarımla teorik olarak anlattığım istatistiksel analizleri uygulamalı olarak bir yazı dizisinde gerçekleştirmek istiyorum. Bu uygulamalı aşamasında kullanmak istediğim Dünyada artık top listelerde yer alan ve analizlerin büyük bir çoğunluğun kullanıldığı, hesaplama gücü çok gelişmiş ve her gün gelişmekte olan R programlama dilinde yapıyor olacağım. 

Teorik olarak iyi bir alt yapıya sahip olunmadan uygulamanın bir felaket olacağını savunanlardanım. Bu nedenle önceki yazılarımı en azından anlatacağım konu başlığı altında olanları okumanız sizin için çok yararlı olacağını düşünüyorum. Zaman zaman teorik olarak ufak bir giriş yapıyor olsamda yazının %80'i uygulamalı olacak.

Almanya'da Verdiğim D3 Dersi

Uzun bir aradan sonra hepinize merhaba. Yazın gerçekleştirdiğimiz çalışmaları bir ürüne dönüştürmek adına çalışmaya devam ediyoruz, dönemin başlamasıyla da yoğunluklar eski seviyesine yükseldi. İki hafta önce ODTÜ'de ikincisi gerçekleştirilen biyoinformatik kursunda veri görselleştirmeyi ve çok yüzeysel bir şekilde de web tabanlı veri görselleştirmeyi anlattım, yaklaşık 4 saatlik bir zaman diliminde anlatılabileceği kadarıyla.

Veriyi görselleştirmek, her ne kadar Excel'de sütun grafiği çizmek gibi anlaşılsa da, bu sadece çok ama çok ufak bir kısım. Excel'in kabiliyetlerini küçümsüyor değilim, ancak olayın boyutlarının çok daha büyük olduğunu vurgulamak istiyorum. Uzun bir süredir de bu konu ilgimi çekiyor ve ciddi manada zaman ayırıyorum. Hatta bugün sizlerle paylaşacağım şey de bu zihin mesaisinin bir ürünü.

İzmir'de Mayıs ayında İYTE'de gerçekleştirilen ve benim de görüntüleme üzerine bir sunum yaptığım etkinlikte görüntüleme yaklaşımım çok beğenilmişti, ve Almanya'da biyolojik veri görüntüleme üzerine uzmanlaşmış bir çalışma grubundan kullandığım araçları onlara anlatmam için bir davet almıştım. ODTÜ'de gerçekleştirilen kursun hemen sonrasında pazar günü Almanya'ya, Bielefeld Üniversitesi'ne gitmek üzere yola çıktım ve geçtiğimiz hafta boyunca her gün 4'er saat D3 ile görüntülemenin nasıl yapılacağını anlattım. Resmi bir ders kapsamında ziyaretçi öğretim görevlisi (Gastdozent) sıfatıyla lisansüstü öğrencilerine verdiğim dersin başlığı Data Visualization With D3 Workshop, dersin resmi sayfasına da ilgili üniversitenin bu linkine tıklayarak ulaşabilirsiniz. Beni davet eden grubun 3 boyutlu hücre modelleme çalışmalarına ise http://cellmicrocosmos.org/ adresinden ulaşabilirsiniz.

Veri Analizi ve Görüntüleme - 1

Bu yaz boyunca Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirdiğimiz çalışmaları takip edenler farketmiştir, yeri geldikçe bol bol görüntüleme uygulaması yaptık ve D3 adlı JavaScript kütüphanesini kullanarak etkileşimli ve dinamik grafikler oluşturduk. D3'ün nasıl kullanılacağına ilişkin yazıları önümüzdeki haftalarda bu blogda takip edebilirsiniz; bu yazıda görüntülemenin felsefesi  üzerine bir giriş yapmayı planlıyorum.

Doç. Dr. Tolga Can'ın Bioinfonet Sunumu

ODTÜ öğretim üyesi Doç. Dr. Tolga Can'ın 28 Ağustos Perşembe günü 13:30'da gerçekleştireceği "Reconstruction of Signaling Network Topology from Steady State and Dynamic Perturbation Data" başlıklı sunuma kayıt olmak için https://www.bigmarker.com/bioinfonet/01TolgaCanMETU adresini ziyaret edebilirsiniz. Bu yazıyı hazırladığım an itibariyle son dört kişilik yer kaldığını da belirtmeliyim. Bioinfonet projesinin de ilginizi çekeceğini düşünüyorum.