Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu 2. Gün Özeti - 01/07/2015

Birinci güne ilişkin notlara buradan ulaşabilirsiniz.

- Konferansın ikinci günü UCSC Genome Browser'da CFTR geni örneği üzerinden önemli parametreler adım adım veritabanı içeriklerinden bahsedilerek anlatıldı. Bu araca ait görüntüleme seçeneklerinden faydalanılarak farklı gen bölgelerinin türler arası korunum bilgileri görüntülenebilir. Korunum bilgileri yeni bilgilerin elde edilmesinde potansiyele sahiptir. Örneğin sorulabilecek sorulardan birisi şöyledir: "Birden fazla türde korunmuş bir intron bölgesinin anlamı ne olabilir?"

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu 1. Gün Özeti - 30/06/2015

Gecikme için özür dileyerek başlamak istiyorum; bu notları çok daha önce yayınlamam gerekiyordu. Aşağıda, eğitimin ilk gününde bahsedilen konulara ait ve bu seneki yaz kampı ekibimin gözünden notlar bulacaksınız. Bu notları olgunlaşmış bir eğitim materyali olarak görmek yerine bu alanda bir genel kültür edinmenize ve nereden devam etmeniz gerektiğine ilişkin bir anlayış geliştirmenize yardımcı olacak destekleyici bir döküman olarak okumanızı öneririm. Bu gönüllü organizasyonun hayat bulmasında çok büyük emekleri olan ekibime ve o gün yanımızda olarak bize destek veren ve elimizde olmayan sebeplerden ötürü karşılaştığımız sorunlara karşı hoşgörüsünü eksik etmeyen değerli katılımcılarımıza bu vesileyle tekrar teşekkür etmek istiyorum.

Türkiye'deki Muhtemelen İlk Biyoinformatik Hackathon'u

Hepinize merhaba,

Yaklaşık bir ay kadar önce gerçekleştirdiğimiz biyoinformatik kursumuz çok verimli geçti ve güzel geribildirimler aldık. Ekibimin aldığı notları paylaşacağımı belirtmiştim, bulduğum ilk fırsatta bunu gerçekleştireceğim.

Bu seneki yaz kampımıza ilişkin detayları http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/ adresinden takip edebilirsiniz. Bu sene de yine geçen seneki gibi eğlenceli, öğretici ve verimli bir şekilde çalışmalarımıza yeni ekibimizle devam ediyoruz.

Bahsetmek istediğim bir diğer konu ise, muhtemelen Türkiye'de ilk kez gerçekleştirilecek olan Biyoinformatik Hackaton'u. 48 saat boyunca kod yazarak sekans odaklı programlama problemlerini çözüyor olacağız. Basitten başlayıp daha karmaşık bir şekilde ilerleyecek olan programımızda iki ekip olarak yarışacak ve en fazla puanı toplamaya çalışacağız. Hackaton boyunca çözeceğimiz problemleri ve yapacağımız aktiviteleri gerçek zamanlı olarak https://twitter.com/biyohackathon adresinden takip edebilirsiniz.

Görüşmek üzere!

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu hakkında birçok soru geliyor, bu nedenle daha detaylı bilgi vermek istiyorum. 

Katılım

• Öngördüğümüzden çok daha fazla sayıda başvuru alıyoruz ve başvurular devam ediyor. Eğer kursa katılmayı planlıyorsanız ancak henüz başvuruda bulunmadıysanız, sizden ricam katılım durumunuz kesinleştiğinde en kısa sürede başvurunuzu tamamlamanız. Böylece daha fazla biyoinformatik meraklısına eğitim verebilmek üzere gerektiğinde daha büyük bir salon ayarlayabilmek için yeterli zamanımız olacaktır.

Biyoinformatik Yaz Kampı '15 ve Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu

Bu sene gerçekleştirilecek Biyoinformatik Yaz Kampı'na ilişkin değerlendirme süreci sona erdi. Bu vesileyle iki duyuru yapmak istiyorum.

Yine mevcut kapasitemizin çok üzerinde başvuru oldu ve kimlerin katılacağına karar vermek adına 2014 ekibimin yardımlarıyla nihai listeyi oluşturduk. Başvuruların çokluğu nedeniyle maalesef sadece kampa kabul edilenlerle iletişime geçebildim; diğer başvuru sahiplerinin affına sığınıyor ve kampa ilgilerinden ötürü teşekkür ediyorum. Hem biyoinformatiğin ne olduğunu merak eden, hem de bu alanda kendini geliştirmek isteyen siz değerli takipçilerimizi yine de yüzüstü bırakmamak adına da şöyle bir çözüm bulmaya çalıştım, bu da ikinci duyurum olacak:

Semantic Web (Anlamsal Ağ) Nedir?

Yan etkileri içerisinde mide bulantısı, kansızlık ve kaşıntı olan enjektabl antibakteriyel üreten ilaç firmalarını bulmak isteseniz nasıl bir yol izlerdiniz? Cevap büyük ihtimalle sorudaki anahtar kelimeleri arama motorlarında taramak ve karşımıza çıkacak bir çok site içerisinde aradığımız bilgileri araştırmak olacaktır.

Biyoinformatik Yaz Kampı '15

2014 yılında başarıyla gerçekleştirdiğimiz Biyoinformatik Yaz Kampı'nın ikincisi bu sene Erciyes Üniversitesi bünyesinde yine Kayseri'de gerçekleştirilecek. 

Geçen seneden farklı olarak bu sene bir adım daha ileri giderek insan genom verilerine yoğunlaşacağız ve biyoinformatiğe ilişkin kavramları gerçek verilerle ilişkilendireceğiz. 2014 yılında gerçekleştirdiğimiz çalışmaların günlüğüne ulaşmak için http://yazstaji2014.blogspot.com/ adresini ziyaret edebilirsiniz. En az 6 hafta sürecek yaz kampının başlangıç tarihi 29 Haziran 2015 olarak belirlendi. 

Yoğun bir çalışma temposu ve motivasyon gerektiren bu çalışmaya dahil olmak istiyorsanız lütfen ahmetrasit@gmail.com adresine "Biyoinformatik Yaz Kampı" başlıklı bir eposta gönderin, içeriğinde kendinizi kısaca tanıtarak neden biyoinformatikle ilgilendiğinizi belirtin, ve güncel bir özgeçmişinizi ekleyin. Geçen sene başvuruların sadece yaklaşık %10'unu kabul edebildik, bu nedenle kendinizi en iyi ve en uygun şekilde tanıtıyor olmanın kabul şansınızı arttıracağını da unutmayın.

Son başvuru tarihi 18 Mayıs Pazartesi @ 23:59.

Nedensellik ve Korelasyon

RT-PCR üzerine bir yazı hazırlamaya başladım bu sıralar, ancak arada dikkatimi çeken ve bahsetmek istediğim bir şey var: istatistiksel yaklaşımın kötüye kullanımı. Bu yazıyı yazmama sebep olan durum da şu: yakın zamanda TÜBİTAK Başarı Öyküleri adlı bir kitapçık hazırladı ve burada yer alan projelerden biri çok açık bir şekilde istatistiksel bir yaklaşımın kötüye kullanımının açık bir örneğiydi. Projeye ilişkin detayları yazmayacağım, ancak dikkatli bir gözün bahsettiğim projeyi hemen farkedeceğini düşünüyorum. Böyle bir projenin başarı öyküsü listesine girmesi ise başka bir hikaye!

Cezbedici Biyoinformatik 1 - Veri İşleme ve Linux'un Güzelliği

Çoğu bilgisayar programlamacısının programlamayı deli gibi sevdiklerini biliriz. Eğer severek planladıkları bir proje üzerinde çalışıyorlarsa bilgisayar başında saatlerini geçirirken ne acıkınca acıktıklarının farkına varırlar, ne de yanlarında olup bitenin. Çok iyi bir programlamacı sayılmasam da farkına varmadan 10 saat aralıksız kod başında zaman geçirmişliğim çok olmuştur ve bu ben de programlamayı bu denli sevenler arasına katabilirim kendimi. Peki ya programlayı veya Biyoinformatik'i bu kadar cezbedici kılan ne?

Bu sorunun tek bir cevabı yok elbette. Ama bence en büyük zevklerden biri “akıllıca ve kısaca bir kod ile çokça işler yapabiliyor olma yetisi”nde gizli. :) 100 milyar baz dizisinin her bir satırında istediğiniz değişikliği yalnızca 5-10 harflik bir kod ile bilgisayara anlatabiliyor, ve bu değişikliği 1 saniyede gerçekleştirebiliyor oluşunuz... Söylemesi bile zevk verici. Hele enter tuşuna bastıktan sonra o değişikliği izlemesi… :)

Yeni Yılda Durum Tespiti ve Özeleştiriler

Zaman sonsuz bir döngü ve buna rağmen bu döngüde bazı kırılma noktalarında daha keskin değişimler olmasını bekleriz. Yeni yılın da güzellikler, mutluluklar, başarılar ve huzur getirmesini diliyorum.

Bu blogu oluşturmaya başlayalı iki yıl olmuş. Bu süreç bana çok şey öğretti. Dünyanın en iyi yazarı değilim, yine de ortalamanın üzerinde olduğumu umuyorum. İşin kötüsü, kendimi kıyaslayabileceğim ve bu konularda Türkçe yazılmış başka bir kaynak neredeyse yok, bu nedenle kendimi hangi noktalarda geliştirmem gerektiğine ilişkin de yeterli ipucunu elde edebildiğim söylenemez. Yine de okunma istatistikleri ve yorumlara bakarak neler yapmam gerektiği konusunda fikirler edinmeye çalışıyorum.

Değişen Dünya İçin İstatistik

2014’ün sonlarına yaklaştığımız şu günlerde büyük ihtimalle Google’ın bu yıl en popüler aramaları açıkladığını duymuşsunuzdur. Evrensel olarak en çok aranabilecek konuları düşündüğümde aklıma Ebola ve ALS Ice Bucket Challenge gelmişti ve tahminlerim beni yanıltmadı. Ebola Dünya sıralamasında 3. sırada yer alırken ALS Ice Bucket Challenge ise 5. Sırada kendine yer bulmuş. Listenin tamamına erişmek isterseniz buradan erişebilirsiniz. Hatta Google bunları gruplara ayırmış ve hangi alanda neyin daha çok araştırıldığına bakabiliyoruz. Eğer incelemek isterseniz siteye buradan ulaşabilirsiniz. 

Veri Analizi ve Görüntüleme - 3

Verinin nasıl analiz edildiğini ve görüntülemenin nasıl yapıldığını anlayabilmek, satın aldığınız bir ürünün içindekiler kısmını okuyabilmeye benzer. Yemekten büyük zevk aldığım bir çikolatalı gofreti ele alalım: çok büyük ihtimalle hayatımın hiçbir döneminde kendi başıma bir çikolatalı gofret yapamayacağım; ancak içindekileri okuduğumda bana nelerin sunulduğunu ve bünyeme nelerin dahil olmasına izin verdiğimi anlayabiliyorum. Böylece örneğin mısırdan elde edilmiş bir glikoz şurubu ibaresi gördüğümde, eninde sonunda bir GDO'lu ürüne maruz kaldığımı farkedebiliyorum (GDO'ya ilişkin tartışmalarda bir taraf tutmuyorum, akışına bırakan bir tavır izliyorum). Aynı zamanda, bir çikolatalı gofret yediğimde vücuduma giren karbonhidrat ve yağ oranını da tespit edebiliyorum. Gerçi diyebilirsiniz ki, madem bu kadar dert ediyorsun karbonhidrat ve yağı, neden çikolatalı gofret yiyorsun:) İnsan mantıklı değil duygusal bir yaratık maalesef :)

Herhangi bir grafiğe baktığımızda da birşeyler yemeye benzer bir durum oluşur: nasıl ki vücudumuz yediğimiz şeylerle inşa edilir ve yenilenir, beynimiz de elde ettiğimiz verilerle tekrar şekillenir. Düşüncelerimizi, inançlarımızı, ve hatta o bilginin kategorisine karşı mevcut direncimizi her yeni bilgiyle güncelleriz. Bu konuya ilişkin detaylar için bir sosyal psikoloji kitabının içindekiler kısmına göz atabilirsiniz. Özetle, öğrenme büyük oranda mantıklı değil, duygusal bir süreçtir, ve işin içine duygu girdiği andan itibaren maruz kaldığınız şeyin etkisi de o denli büyük olur.