Yeni Nesil Sekanslama Nedir? - 2 (Teknolojinin Arka Planı ve Kütüphane Hazırlama)

Yeni Nesil Sekanslama (YNS) teknolojisi diye adlandırdığımız şey aslında kendi içerisinde birçok farklı teknolojik yaklaşımı içeriyor, bunların neler olduklarından daha önce bahsetmiştim. Bu yazıda temel olarak YNS'nin çalışma prensiplerinden ve kütüphane hazırlama yöntemlerinden bahsedeceğim.

Sekanslama öncesi ilk yapmamız gereken şey organizmaların DNA'sını izole etmek. Maalesef henüz bu aşamayı ortadan kaldıran bir teknoloji yok. Ancak YNS için yapmamız gereken hazırlık bununla bitmiyor: genelde bu teknolojinin anlaşılması ve uygulaması en güç kısmı da burası. İzole edilen DNA'nın YNS cihazında kullanılabilmesi için geçmesi gereken bir dizi işleme kütüphane hazırlama [library preparation] deniyor.

Yeni Nesil Sekanslama Nedir? - 1 (Teknolojinin Potansiyeli)

Yeni Nesil Sekanslama'nın daha teknik detaylarından ve bu teknolojiyi ortaya çıkarakn süreçten bahsettiğim önceki yazılarıma şu bağlantılardan ulaşabilirsiniz:
YNS - Sanger
YNS - SAGE
YNS - Mevcut teknolojiler

Uzun bir aradan sonra hepinize merhaba. Yeni Nesil Sekanslama (YNS) [Next Generation Sequencing, NGS] günümüzdeki en güncel yüksek çıktılı [high-throughput] teknoloji. YNS teknolojisinin özü aslında birbirinden bağımsız yüz binlerce hatta milyonlarca sekanslamanın aynı anda aynı cihazda sınırlı bir süre içerisinde gerçekleştirilmesi. Bu teknolojide de gelişmeler öyle hızlı ki, şimdiden birkaç farklı versiyonu dünyada kullanılmaya başladı. Önce bu teknolojiyle neler yapılabildiğinden, ardından bu teknolojinin detaylarından, ve son olarak da bu teknoloji ile elde edilen verilerin nasıl analiz edilebileceğinden bahsetmeye çalışacağım.

Genomlar hakkında çok az şey biliyoruz. Genleri tarif yaklaşımımız bile aslında ne denli kısıtlı bilgiye sahip olduğumuzun bir göstergesi. Bunu sayısal olarak görmek isteyenler de https://genecards.weizmann.ac.il/v3/GIFtS.shtml adresindeki grafiği inceleyebilirler. Bu denli az şey bilmemizin bence en büyük nedeni, neyi aradığımızı bilmememiz.

Arduino Nedir?

Geçtiğimiz hafta Erciyes Teknopark'ın gerçekleştirmiş olduğu Arduino eğitimine Ahmet Raşit Öztürk ile birlikte katıldık. Arduino hakkında öğrendiklerim beni oldukça heyecanlandırdı ve bunları sizlerle paylaşmak istedim. Bunu anlatırken teknik konulara girmeyeceğim. Özellikle bir biyoinformatik bloğunda olduğumuzu düşünürsek teknik konulardan bahsetmek oldukça yersiz olacaktır.

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu 2. Gün Özeti - 01/07/2015

Birinci güne ilişkin notlara buradan ulaşabilirsiniz.

- Konferansın ikinci günü UCSC Genome Browser'da CFTR geni örneği üzerinden önemli parametreler adım adım veritabanı içeriklerinden bahsedilerek anlatıldı. Bu araca ait görüntüleme seçeneklerinden faydalanılarak farklı gen bölgelerinin türler arası korunum bilgileri görüntülenebilir. Korunum bilgileri yeni bilgilerin elde edilmesinde potansiyele sahiptir. Örneğin sorulabilecek sorulardan birisi şöyledir: "Birden fazla türde korunmuş bir intron bölgesinin anlamı ne olabilir?"

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu 1. Gün Özeti - 30/06/2015

Gecikme için özür dileyerek başlamak istiyorum; bu notları çok daha önce yayınlamam gerekiyordu. Aşağıda, eğitimin ilk gününde bahsedilen konulara ait ve bu seneki yaz kampı ekibimin gözünden notlar bulacaksınız. Bu notları olgunlaşmış bir eğitim materyali olarak görmek yerine bu alanda bir genel kültür edinmenize ve nereden devam etmeniz gerektiğine ilişkin bir anlayış geliştirmenize yardımcı olacak destekleyici bir döküman olarak okumanızı öneririm. Bu gönüllü organizasyonun hayat bulmasında çok büyük emekleri olan ekibime ve o gün yanımızda olarak bize destek veren ve elimizde olmayan sebeplerden ötürü karşılaştığımız sorunlara karşı hoşgörüsünü eksik etmeyen değerli katılımcılarımıza bu vesileyle tekrar teşekkür etmek istiyorum.

Türkiye'deki Muhtemelen İlk Biyoinformatik Hackathon'u

Hepinize merhaba,

Yaklaşık bir ay kadar önce gerçekleştirdiğimiz biyoinformatik kursumuz çok verimli geçti ve güzel geribildirimler aldık. Ekibimin aldığı notları paylaşacağımı belirtmiştim, bulduğum ilk fırsatta bunu gerçekleştireceğim.

Bu seneki yaz kampımıza ilişkin detayları http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/ adresinden takip edebilirsiniz. Bu sene de yine geçen seneki gibi eğlenceli, öğretici ve verimli bir şekilde çalışmalarımıza yeni ekibimizle devam ediyoruz.

Bahsetmek istediğim bir diğer konu ise, muhtemelen Türkiye'de ilk kez gerçekleştirilecek olan Biyoinformatik Hackaton'u. 48 saat boyunca kod yazarak sekans odaklı programlama problemlerini çözüyor olacağız. Basitten başlayıp daha karmaşık bir şekilde ilerleyecek olan programımızda iki ekip olarak yarışacak ve en fazla puanı toplamaya çalışacağız. Hackaton boyunca çözeceğimiz problemleri ve yapacağımız aktiviteleri gerçek zamanlı olarak https://twitter.com/biyohackathon adresinden takip edebilirsiniz.

Görüşmek üzere!

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu

Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu hakkında birçok soru geliyor, bu nedenle daha detaylı bilgi vermek istiyorum. 

Katılım

• Öngördüğümüzden çok daha fazla sayıda başvuru alıyoruz ve başvurular devam ediyor. Eğer kursa katılmayı planlıyorsanız ancak henüz başvuruda bulunmadıysanız, sizden ricam katılım durumunuz kesinleştiğinde en kısa sürede başvurunuzu tamamlamanız. Böylece daha fazla biyoinformatik meraklısına eğitim verebilmek üzere gerektiğinde daha büyük bir salon ayarlayabilmek için yeterli zamanımız olacaktır.

Biyoinformatik Yaz Kampı '15 ve Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu

Bu sene gerçekleştirilecek Biyoinformatik Yaz Kampı'na ilişkin değerlendirme süreci sona erdi. Bu vesileyle iki duyuru yapmak istiyorum.

Yine mevcut kapasitemizin çok üzerinde başvuru oldu ve kimlerin katılacağına karar vermek adına 2014 ekibimin yardımlarıyla nihai listeyi oluşturduk. Başvuruların çokluğu nedeniyle maalesef sadece kampa kabul edilenlerle iletişime geçebildim; diğer başvuru sahiplerinin affına sığınıyor ve kampa ilgilerinden ötürü teşekkür ediyorum. Hem biyoinformatiğin ne olduğunu merak eden, hem de bu alanda kendini geliştirmek isteyen siz değerli takipçilerimizi yine de yüzüstü bırakmamak adına da şöyle bir çözüm bulmaya çalıştım, bu da ikinci duyurum olacak:

Semantic Web (Anlamsal Ağ) Nedir?

Yan etkileri içerisinde mide bulantısı, kansızlık ve kaşıntı olan enjektabl antibakteriyel üreten ilaç firmalarını bulmak isteseniz nasıl bir yol izlerdiniz? Cevap büyük ihtimalle sorudaki anahtar kelimeleri arama motorlarında taramak ve karşımıza çıkacak bir çok site içerisinde aradığımız bilgileri araştırmak olacaktır.

Biyoinformatik Yaz Kampı '15

2014 yılında başarıyla gerçekleştirdiğimiz Biyoinformatik Yaz Kampı'nın ikincisi bu sene Erciyes Üniversitesi bünyesinde yine Kayseri'de gerçekleştirilecek. 

Geçen seneden farklı olarak bu sene bir adım daha ileri giderek insan genom verilerine yoğunlaşacağız ve biyoinformatiğe ilişkin kavramları gerçek verilerle ilişkilendireceğiz. 2014 yılında gerçekleştirdiğimiz çalışmaların günlüğüne ulaşmak için http://yazstaji2014.blogspot.com/ adresini ziyaret edebilirsiniz. En az 6 hafta sürecek yaz kampının başlangıç tarihi 29 Haziran 2015 olarak belirlendi. 

Yoğun bir çalışma temposu ve motivasyon gerektiren bu çalışmaya dahil olmak istiyorsanız lütfen ahmetrasit@gmail.com adresine "Biyoinformatik Yaz Kampı" başlıklı bir eposta gönderin, içeriğinde kendinizi kısaca tanıtarak neden biyoinformatikle ilgilendiğinizi belirtin, ve güncel bir özgeçmişinizi ekleyin. Geçen sene başvuruların sadece yaklaşık %10'unu kabul edebildik, bu nedenle kendinizi en iyi ve en uygun şekilde tanıtıyor olmanın kabul şansınızı arttıracağını da unutmayın.

Son başvuru tarihi 18 Mayıs Pazartesi @ 23:59.

Nedensellik ve Korelasyon

RT-PCR üzerine bir yazı hazırlamaya başladım bu sıralar, ancak arada dikkatimi çeken ve bahsetmek istediğim bir şey var: istatistiksel yaklaşımın kötüye kullanımı. Bu yazıyı yazmama sebep olan durum da şu: yakın zamanda TÜBİTAK Başarı Öyküleri adlı bir kitapçık hazırladı ve burada yer alan projelerden biri çok açık bir şekilde istatistiksel bir yaklaşımın kötüye kullanımının açık bir örneğiydi. Projeye ilişkin detayları yazmayacağım, ancak dikkatli bir gözün bahsettiğim projeyi hemen farkedeceğini düşünüyorum. Böyle bir projenin başarı öyküsü listesine girmesi ise başka bir hikaye!

Cezbedici Biyoinformatik 1 - Veri İşleme ve Linux'un Güzelliği

Çoğu bilgisayar programlamacısının programlamayı deli gibi sevdiklerini biliriz. Eğer severek planladıkları bir proje üzerinde çalışıyorlarsa bilgisayar başında saatlerini geçirirken ne acıkınca acıktıklarının farkına varırlar, ne de yanlarında olup bitenin. Çok iyi bir programlamacı sayılmasam da farkına varmadan 10 saat aralıksız kod başında zaman geçirmişliğim çok olmuştur ve bu ben de programlamayı bu denli sevenler arasına katabilirim kendimi. Peki ya programlayı veya Biyoinformatik'i bu kadar cezbedici kılan ne?

Bu sorunun tek bir cevabı yok elbette. Ama bence en büyük zevklerden biri “akıllıca ve kısaca bir kod ile çokça işler yapabiliyor olma yetisi”nde gizli. :) 100 milyar baz dizisinin her bir satırında istediğiniz değişikliği yalnızca 5-10 harflik bir kod ile bilgisayara anlatabiliyor, ve bu değişikliği 1 saniyede gerçekleştirebiliyor oluşunuz... Söylemesi bile zevk verici. Hele enter tuşuna bastıktan sonra o değişikliği izlemesi… :)