İletişim Adabı

Bir süredir gelen e-postaların ufak da olsa bir kısmında karşıma çıkan ve rahatsızlık duyduğum bir konudan bahsetmek istiyorum bu yazımda. İnsanın teknik bir konudaki yeteneklerinin gelişmiş olması elbette önemli, ancak insan sosyal bir varlık ve sahip olduğu teknik becerilerinin yanısıra iletişim becerilerinin de gelişmiş olması gerekiyor. Bugün üst üste 3 kez bu tür hatalarla karşılaşınca artık yazmanın zamanı geldi diye düşündüm.

Öncelikle şunu belirtmeliyim: bana ulaşan e-postaların tamamına bazen gecikmeli de olsa cevap vermeye çalışıyorum, herhangi bir cevap alamadıysanız bunun nedeni e-postanızın bana ulaşmamış olmasıdır (SPAM olarak algılanmış olabilir vb.). 

Ancak e-posta yazarken veya telefonla ulaşmaya çalışırken kesinlikle dikkat edilmesi gereken şeyler vardır, bunları kısaca profesyonel hayatın yazılı olmayan kuralları olarak adlandırabiliriz. Aşağıda bahsettiğim kuralları, aslında sizin ne ölçüde dikkatli, gayretli ve saygılı olduğunuza ilişkin gayet önemli göstergeler olarak düşünebilirsiniz.

Veri Analizinde Uygulanan Adımlar - 9 (R Diline Giriş)

Bir önceki yazımda size hava durumu verilerinden bahsetmiş ve kolaylıkla kullanabilmeniz için bazı veriler ile bu verileri elde etmenize yarayacak kısa bir programı paylaşmıştım. Bu yazıda ise R programlama diline hızlı bir giriş yapacağım ve bir programlama dilini öğrenmenin ne kadar kolay olduğundan bahsedeceğim.

R programlama diline giriş yapmadan önce yazılımın doğasından bahsetmek istiyorum. Kendi kendine hareket eden veya belirli bir hareketi sürekli tekrarlayan makinalar üretmenin kıymetini insanoğlu sanayi devrimiyle birlikte hızlı bir şekilde kavradı ve bu tarz sistemler gelişmeye yoğunlaştı. Bir diski sürekli döndürecek bir mekanizma tasarlarsanız ve bu diske bir makara, zincir veya tekerlek bağlarsanız, daha önce hiç ulaşamadığınız hızlara ulaşır veya yine daha önce hiç taşıyamadığınız yükleri taşımaya başlarsınız. Aynı şey sayılar için de geçerli: eğer böyle bir mekanizmayı kabaca dört işlem için de geliştirebilirseniz, o zaman çok karmaşık hesaplamaları insan hatası olmadan gerçekleştirebilirsiniz. Ancak bu tarz mekanik sistemlerin -bence- en büyük problemlerinden biri, sıkı bir şekilde kontrol edilmelerine olan ihtiyaçtır. Yani, bir otomobil motorunu sağlıklı bir şekilde kontrol edemezseniz ya motora, ya otomobile, ya da içerisindeki insana zarar verirsiniz. Aynı şey diğer tüm mekanik sistemler için de geçerli: bir sistemi programlayabildiğiniz ölçüde verim alabilirsiniz. Programlama deyince karşımıza algoritma kavramı çıkıyor.

Yeni Nesil Dizilimleme [Next Generation Sequencing] Teknolojisine Bakış - 3 (Mevcut Teknolojiler)

Yeni Nesil Dizilimleme [Yeni Nesil Sekanslama | Next Generation Sequencing] teknolojisini aslında günümüzde ikinci ve üçüncü nesil olarak sınıflandırmak yerinde olacaktır (açıkçası sınıflandırma konusunda tam bir mutabakata da varılmış değil). İkinci nesil dizilimleme [sekanslama | sequencing] teknolojilerinin temel prensibi, DNA moleküllerinin tekrar sentezleme yoluyla dizilimlenmesi ve bunun katı bir yüzeye bu moleküllerin sabitlenerek gerçekleştirilmesi. Özetle, Sanger'de sıvı ortamın içerisinde tam olarak sabitleyemediğiniz reaksiyonları katı bir yüzeyde her bir reaksiyonu belirli bir bölgeye sabitleyerek gerçekleştirirseniz, ve bu katı yüzeyi de yeterince etkili bir şekilde kullanıp her bir ufacık bölgede bir reaksiyon yürütürseniz, o zaman paralel bir şekilde bir çok dizilimlemeyi aynı anda gerçekleştirebilirsiniz. 

Uygulamalı Girişimcilik Dersi, İstanbul Üniversitesi - 29 Nisan Salı 13:00

29 Nisan Salı günü sevgili Yrd. Doç. Dr. Neslihan Turgut Kara'nın Uygulamalı Girişimcilik dersine konuşmacı olarak davetliyim. Biyoinformatiğe ve girişimciliğe dair hikayemi paylaşacağım derste bu süreçte başımdan geçenleri ve bu yola girmek isteyenlere nacizane tavsiyelerimi anlatacağım. Eğer siz de katılmak isterseniz Neslihan Hanım'a ulaşarak (e-posta bilgisi için buraya bakabilirsiniz) katılım durumunun uygunluğunu öğrenebilirsiniz.

29 Nisan 2014 Salı 13:00

İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Biyoinformatik Yaz Stajı - 2014

AG Biyoinformatik bünyesinde her sene düzenlediğimiz staj programını bu sene yeni görevim dolayısıyla Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde (Kayseri) Haziran ayında yürütmeyi planlıyorum. Halihazırda seçilmiş "muhtemel meslektaşlarım"a ek olarak sınırlı sayıda kişiyi de bu blog dolayısıyla yapılacak başvurularla staja dahil etmeyi düşünüyorum. Başvurmak için ahmetrasit@gmail.com adresine kısaca bu stajda yer almayı neden istediğinizi ve bir özgeçmişinizi göndermenizi rica edeceğim. Mevcut durumda 2 kişiyi daha bu şekilde kabul edebileceğimizi tahmin ediyorum, bu nedenle başvurularınızı yapmakta acele etmenizi öneririm.

Biyoinformatik Eğitimleri ve İhtiyaçlarımız - Yol Haritası

Bu dizinin ilk yazısında bazı tespitlerimden bahsetmiştim, bir sonraki yazıda ise bu doğrultuda ihtiyaçları sıralamaya çalışmıştım. Bu yazıda ise muhtemel bir yol planından bahsetmek istiyorum. Açıkçası uzun bir süredir bu konuda bir fikir çilesi olarak adlandırılabilecek bir süreç yaşıyorum. 

Öncesinde, ancak yeni kavrayabildiğim bir durumu ifade etmem sanırım iyi olacak. Son bir ayda farkettiğim durum şu: İngilizce bilmek, zannettiğimden veya zannedildiğinden çok daha önemli bir etken, ve büyük bir ayrıma neden oluyor. İngilizce'ye okuduklarını anlayacak kadar dahi hakim birisi internette dolaşarak biraz uğraşarak da olsa bir şekilde yolunu buluyor ve biyoinformatiğe ilişkin kendini geliştirebilecek kaynaklara bir şekilde ulaşabiliyor; her ne kadar yönlendirmeye ihtiyaç duysa da boşlukları rahatlıkla doldurabiliyor. Ancak İngilizce konusunda kendini yetersiz birisi söz konusu olduğunda çok büyük bir bariyer var: temel düzeyde dahi yeterli Türkçe kaynak olmadığı için kişilerin şevki çabuk kırılıyor ve çok daha fazla miktarda çaba sarfediyorlar. Bu açığı şu sıralar Wikipedi'deki Türkçe biyoinformatik makaleleriyle bir miktar kapatmak mümkün ancak onların da çoğu orjinal makalelerin ufak ve temel kısımlarını kapsıyor, aynı zamanda Türkçeleştirme hatalarından da muzdaripler ve henüz tam anlamıyla kararlı bir yapı yok doğal olarak, biraz daha zamana ihtiyaç var.

6 Mart Perşembe - Biyoinformatik Buluşması - Erciyes Üniversitesi

6 Mart Perşembe günü saat 17:00'de Kayseri Erciyes Üniversitesi'nde biyoinformatikle ilgilenenlerin biraraya gelebileceği düzenli bir etkinlik başlatmayı planlıyorum. Saat 15:00'deki biyoinformatik dersimin ardından 17:00'de gerçekleşecek olan buluşmaya (ve dilerseniz öncesinde dersime de) biyoinformatiğe ilgi duyan, bu alana girmek isteyen veya bu alanda kendini geliştirmek isteyen herkesi bekliyorum. Bu blogdan duyup katılacakların e-postayla iletişime geçmesini rica ediyorum. Görüşmek üzere :)

6 Mart 2014 Perşembe 17:00

Erciyes Üniversitesi Genom ve Kök Hücre Merkezi Binası

Not: Böyle bir buluşmayı Ankara'da da gerçekleştirsek ne dersiniz? Muhtemel yer ve zaman önerilerinizi bekliyorum.

Yeni Nesil Dizilimleme [Next Generation Sequencing] Teknolojisine Bakış - 2 (SAGE Yöntemi)

Bir önceki yazımda, DNA'nın keşfedilişinden ve klasik dizilimleme yaklaşımı olan Sanger dizilimleme  (sekanslama | sequence) yönteminden bahsetmiştim. Bunun yanısıra, uygun teknolojiyi seçmenin ne kadar önemli olduğunu da toplu taşıma üzerinden örnekler vererek anlatmıştım.

Günümüzde çokça bilinmeyen ve bu nedenle de pek üzerinde durulmayan bir yöntemden bahsedeceğim bu yazımda. Hayalgücünüzü biraz zorlamanızı istiyorum: neredeyse tek yapabildiğiniz şey, elinizdeki DNA parçasını çok ufak (~800 bazlık) bölümler halinde okuyabilmek. Sonra birileri çıkıp (Edwin Southern) bir de hibridizasyon temelli bir yaklaşımla varlığını önceden bildiğiniz DNA parçalarını tespit etmek üzere bir teknik geliştiriyor, sene 1975. Elinizdeki en temel iki yöntem kabaca bunlar. Bunlar üzerine bir disiplin inşa etmek zorundaysanız, tüm şartları zorlarsınız. 

21 Şubat Cuma - Biyoinformatik ve Son Gelişmeler - Gazi Üniversitesi

21 Şubat Cuma günü 09:00'da Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda Biyoinformatik ve Son Gelişmeler adlı herkese açık bir etkinlik düzenlenecek. Açılış konuşmasının ardından Yrd. Doç. Dr. Yeşim Aydın Son'un 09:30'da Biyoenformatik ve Genomik Tıp adlı konuşmasıyla devam edecek etkinlikte benim de 13:00'de veri analizi ve görüntülemesi odaklı bir konuşmam olacak. Biyoinformatiğe ilgi duyan ve biyoinformatiğin gerçek hayat uygulamalarını merak eden herkesin faydalanacağını düşündüğüm bu etkinliğe ilişkin yer ve zaman bilgisi ise şu şekilde:

21 Şubat 2014 Cuma 09:00 - 16:00

Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dekanlık Binası 6. Kat Konferans Salonu

Veri Analizinde Uygulanan Adımlar - 8 (Hava Durumu)

Şimdiye kadar bahsettiğim konular verinin doğrudan kendisiyle alakalıydı ve büyük oranda teorik konulardan bahsettim. Bu yazımdan itibaren gerçek verilerle oynayabileceğimiz bir yapıya dönüşecek bu yazı dizisi. Moleküler biyoloji temelli verilerle çalışmanın karmaşıklığını yaşamamak adına, daha kolay aktarabileceğimi düşündüğüm ve büyük boyutlu bir veri kaynağıyla çalışmayı tercih ettim: hava durumu verisi. İngilizce blogumda hava durumu üzerine yaptığım analizlerden ve sonuçlarından bahsetmiştim ancak bu sonuçları tam olarak nasıl ürettiğime ilişkin detaylara pek değinmemiştim. Bu yazımda, bu tarz verilere nasıl yaklaşılabileceği üzerine daha somut bir örnek üzerinden giriş yapacağım.

Neredeyse hepimizin cebinde bir akıllı telefon var, ve bu telefonlar internete bağlı olduğu sürece anlık hava durumu bilgisini de sunuyorlar. Bu verilerin nasıl oluşturulduğunu hiç merak ettiniz mi? Bildiğim kadarıyla bu işin temel motivasyonu, hava durumu bilgisinin kritik olduğu havacılık sektörü. Sıradan bir vatandaşa 4 saat sonrasına ilişkin bir tahmin raporunu yanlış verirseniz çok büyük ihtimalle hayati bir tehlike oluşturmaz veya büyük bir ekonomik kayba neden olmaz. Ancak, İngiltere'den kalkan bir uçağın Türkiye'ye iniş yapacağı saatlerdeki hava durumunu yanlış (veya büyük bir hata payıyla) tahmin ederseniz iyi ihtimalle ya gecikmeye, ya da başka bir havaalanına inmeye sebep olabilirsiniz; daha kötü örnekler de geçmişte yaşanmış maalesef (National Geographic'te Uçak Kazası Raporu adlı programda pek hoş olmayan örnekleri izleyebilirsiniz). Tam da bu nedenle, hava durumuna ilişkin gözlem merkezleri ilk olarak havaalanlarında kurulmaya başlanmış. Bu nedenle bir süre öncesine kadar Ankara'daki hava durumu için şehre gayet uzak olan Esenboğa'dan veya Kayseri'deki hava durumu için yine şehir merkezine uzak olan Erkilet'ten bilgi alınıyordu: buralar, askeri veya sivil havaalanlarının yer aldığı bölgeler çünkü. 

Regresyon Analizi

“Minority Report” filmini seyredenler hatırlarsa; kurguda işlenen konu üç insanın geleceği görebilme yetenekleriyle ilgiliydi. Bu yetenekler kullanılarak suçların daha işlenmeden öngörülebiliyor ve polisler tarafından daha olay gerçekleşmeden engellenebiliyordu. Daha günümüze yakın benzer bir örnek Amerikan yapımı bir dizi olan “Person of Interest”. Kurgu yine benzer olmakla birlikte doğa üstü yeteneklerden farklı olarak dayanağı olan “veri” kullanılıyor. Son teknoloji bir bilgisayar ve suçluları bulacak bir algoritma kullanılarak hukuk dışı müdahaleler bulunularak suçların daha işlenmeden engellenmesi kurgusu etrafında dönen bir dizi. Bu tarz bir geleceğin çok uzakta olmadığına eminim. Etik açısından da ayrıyetten çok tartışılacak bir konu.

Günümüzde  şuan bu teknolojiye sahip değiliz. Fakat farklı alanlarda buna benzer büyük boyutlu veriler toplanarak gerek pazar araştırmalarında gerek biyoloji, tıp alanında göreceli büyük boyutlu verilerdan yararlanılarak ve bir kaç regresyon tekniği uygulanarak hali hazırda bir azınlık raporu yazmak mümkün.

Biyoinformatik Eğitimleri ve İhtiyaçlarımız - İhtiyaçlar

Bir önceki yazımda bazı tespitlerden bahsetmiştim ve bu yazıda da daha önce bahsettiklerim doğrultusunda bir ihtiyaç hazırlama gayretindeyim. Amacım, biyoinformatiğe ilişkin bilgi birikimimizi nasıl geliştireceğimize ilişkin bir noktaya varmak.

Öncesinde, daha dün öğrendiğim bir çalışmadan söz etmek istiyorum. Dunning ve Kruger tarafından gerçekleştirilen çalışmayı önceki yazı ışığında okumanızı öneriyorum, ilginç bir çalışma. Türkçesine bu Wikipedi linkinden ulaşabilirsiniz, daha detaylı bilgi içinse İngilizce Wikipedia sayfası linkine göz atabilirsiniz.

Biyoinformatiğe ilişkin ihtiyaçları yine önceki yazıdaki tespitlerle ilişkilendirerek somutlaştırmak istiyorum. Sanırım atılması gereken ilk adımlardan biri, biyoinformatiği gerçek hayatla ilişkilendirmek. Bu alan uygulamalı bir alan ve bu nedenle sadece teorik olarak sunulduğunda kopukluklar yaşanıyor. Hatta aslında bilim ve mühendisliğin arasında kaldığı için her iki anlayışın da yansıtılması gerekiyor.