Doç. Dr. Tolga Can'ın Bioinfonet Sunumu

ODTÜ öğretim üyesi Doç. Dr. Tolga Can'ın 28 Ağustos Perşembe günü 13:30'da gerçekleştireceği "Reconstruction of Signaling Network Topology from Steady State and Dynamic Perturbation Data" başlıklı sunuma kayıt olmak için https://www.bigmarker.com/bioinfonet/01TolgaCanMETU adresini ziyaret edebilirsiniz. Bu yazıyı hazırladığım an itibariyle son dört kişilik yer kaldığını da belirtmeliyim. Bioinfonet projesinin de ilginizi çekeceğini düşünüyorum.

Biyoinformatiğin Önemine İlişkin İbretlik Bir Gelişme

Bu blogu takip edenler bir süredir yaz ekibimle birlikte yürüttüğüm çalışmalara yoğunlaştığımı farketmişlerdir. İstisnasız her gün gece 12'den önce çalışmayı bırakamadığımız bir çalışma temposu içerisinde hızlı bir şekilde ilerlemeye devam ediyoruz, bu durum da bu blogu aksatmama neden oluyor.

Ancak bugün sizlerle geçen hafta sonu keşfettiğim bir durumu paylaşmak istiyorum; bu durum, biyoinformatiğin ne denli önemli ve tamamlayıcı bir alan olduğunun da büyük bir göstergesi bence. Hikaye şöyle: hafta sonu iki öğrencimle (Bihter ve Elif) birlikte 2007 tarihli bir mikrodizi çalışması üzerine yoğunlaştık. Meme kanserinin iki alt tipi üzerine gerçekleştirilen bu çalışmada Affymetrix'in insan transkriptom çalışmaları için geliştirdiği en kapsamlı çipi kullanılmış ve çalışmaya 30 örnek dahil edilmiş. GEO'da GSE5764 olarak kayıtlı bu çalışmanın verileriyle makalenin yayınlandığı tarihten bu yana birçok kez çeşitli şekillerde oynamış ve bu veri üzerinde bireysel projeler gerçekleştirmiştim. O zamanlar sürekli karşıma çıkan bir analiz sonucu, geçen haftasonu da karşımıza çıktı.

Yetenekli Bir Ekip Neler Yapabilir?

Bu yazımda sizlere yaz döneminde gerçekleştiriyor olduğumuz proje/staj programından bahsedeceğim. Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde gerçekleştirilen Biyoinformatik Yaz Programı kapsamında birçok başvuru arasından seçilen ve neredeyse hiç programlama bilgisi olmayan 6 öğrenci ile 9 Haziran'da çalışmaya başladık. Biyoinformatik ve bilgisayar dünyasına ilişkin altyapı eğitimlerine paralel olarak Scratch ile programlamaya başladık ve Python ile devam ediyoruz. Ekip olarak geliştirmeyi planladığımız büyük bir projenin yanısıra, bireysel olarak da her bir ekip üyesi kendi projesi ile çalışmaya başladı bu hafta. Program sonunda -büyük veya küçük- çalışan sistemler üretmeyi hedefliyoruz.

Program kapsamında gerçekleştirdiğimiz çok yönlü etkinlik ve çalışmaları yazstaji2014.blogspot.com adresinden takip edebilirsiniz. Her bir günümüzü anlattığımız blogumuzun yanısıra, her bir ekip üyesinin kendi bloglarında yazdıklarını okumak da eminim çok hoşunuza gidecektir. İlgili bloglara da, yazstaji2014 blogunun ana sayfasındaki Bizler Bir Ekibiz! başlığı altından ulaşabilirsiniz.

İYTE'nin Organize Ettiği 3. Uluslararası Biyoinformatik Çalıştayı

21 - 23 Mayıs 2014 tarihleri arasında gerçekleştirilen 3. International Workshop on Translational Bioinformatics and Health Informatics etkinliği (http://wtbm.iyte.edu.tr/) kapsamında bir konuşma yapmak üzere İzmir'deydim. Doç. Dr. Jens Almer'in organize ettiği ve katılımcıların kayda değer bir kısmının Almanya'dan dahil oldukları etkinlik süresince sunumlar kadar kahve aralarında yapılan sohbetler de ilgi çekiciydi.

Yaptığım sunum veri görüntüleme üzerineydi. Birçok araştırmacı ileri düzey analizleri yapabilmesine rağmen bunları başkalarına aktarırken büyük zorluk çekiyor. Bu nedenle fonksiyonel, şık ve akıllıca görselleştirmeler büyük önem kazanıyor. Öyle ki, Ocak ayında Nature Methods dergisinde boxplot gibi basit bir grafik ve bunun için oluşturulan bir web aracı üzerine bir makale yayınlandı. Karmaşık, dinamik ve etkileşimli görselleştirme yöntemleri üzerine yaptığım sunumun ardından Almanya'da bir üniversitede kısa süreli bir ders verme teklifi dahi aldım. 

İletişim Adabı

Bir süredir gelen e-postaların ufak da olsa bir kısmında karşıma çıkan ve rahatsızlık duyduğum bir konudan bahsetmek istiyorum bu yazımda. İnsanın teknik bir konudaki yeteneklerinin gelişmiş olması elbette önemli, ancak insan sosyal bir varlık ve sahip olduğu teknik becerilerinin yanısıra iletişim becerilerinin de gelişmiş olması gerekiyor. Bugün üst üste 3 kez bu tür hatalarla karşılaşınca artık yazmanın zamanı geldi diye düşündüm.

Öncelikle şunu belirtmeliyim: bana ulaşan e-postaların tamamına bazen gecikmeli de olsa cevap vermeye çalışıyorum, herhangi bir cevap alamadıysanız bunun nedeni e-postanızın bana ulaşmamış olmasıdır (SPAM olarak algılanmış olabilir vb.). 

Ancak e-posta yazarken veya telefonla ulaşmaya çalışırken kesinlikle dikkat edilmesi gereken şeyler vardır, bunları kısaca profesyonel hayatın yazılı olmayan kuralları olarak adlandırabiliriz. Aşağıda bahsettiğim kuralları, aslında sizin ne ölçüde dikkatli, gayretli ve saygılı olduğunuza ilişkin gayet önemli göstergeler olarak düşünebilirsiniz.

Veri Analizinde Uygulanan Adımlar - 9 (R Diline Giriş)

Bir önceki yazımda size hava durumu verilerinden bahsetmiş ve kolaylıkla kullanabilmeniz için bazı veriler ile bu verileri elde etmenize yarayacak kısa bir programı paylaşmıştım. Bu yazıda ise R programlama diline hızlı bir giriş yapacağım ve bir programlama dilini öğrenmenin ne kadar kolay olduğundan bahsedeceğim.

R programlama diline giriş yapmadan önce yazılımın doğasından bahsetmek istiyorum. Kendi kendine hareket eden veya belirli bir hareketi sürekli tekrarlayan makinalar üretmenin kıymetini insanoğlu sanayi devrimiyle birlikte hızlı bir şekilde kavradı ve bu tarz sistemler gelişmeye yoğunlaştı. Bir diski sürekli döndürecek bir mekanizma tasarlarsanız ve bu diske bir makara, zincir veya tekerlek bağlarsanız, daha önce hiç ulaşamadığınız hızlara ulaşır veya yine daha önce hiç taşıyamadığınız yükleri taşımaya başlarsınız. Aynı şey sayılar için de geçerli: eğer böyle bir mekanizmayı kabaca dört işlem için de geliştirebilirseniz, o zaman çok karmaşık hesaplamaları insan hatası olmadan gerçekleştirebilirsiniz. Ancak bu tarz mekanik sistemlerin -bence- en büyük problemlerinden biri, sıkı bir şekilde kontrol edilmelerine olan ihtiyaçtır. Yani, bir otomobil motorunu sağlıklı bir şekilde kontrol edemezseniz ya motora, ya otomobile, ya da içerisindeki insana zarar verirsiniz. Aynı şey diğer tüm mekanik sistemler için de geçerli: bir sistemi programlayabildiğiniz ölçüde verim alabilirsiniz. Programlama deyince karşımıza algoritma kavramı çıkıyor.

Yeni Nesil Dizilimleme [Next Generation Sequencing] Teknolojisine Bakış - 3 (Mevcut Teknolojiler)

Yeni Nesil Dizilimleme [Yeni Nesil Sekanslama | Next Generation Sequencing] teknolojisini aslında günümüzde ikinci ve üçüncü nesil olarak sınıflandırmak yerinde olacaktır (açıkçası sınıflandırma konusunda tam bir mutabakata da varılmış değil). İkinci nesil dizilimleme [sekanslama | sequencing] teknolojilerinin temel prensibi, DNA moleküllerinin tekrar sentezleme yoluyla dizilimlenmesi ve bunun katı bir yüzeye bu moleküllerin sabitlenerek gerçekleştirilmesi. Özetle, Sanger'de sıvı ortamın içerisinde tam olarak sabitleyemediğiniz reaksiyonları katı bir yüzeyde her bir reaksiyonu belirli bir bölgeye sabitleyerek gerçekleştirirseniz, ve bu katı yüzeyi de yeterince etkili bir şekilde kullanıp her bir ufacık bölgede bir reaksiyon yürütürseniz, o zaman paralel bir şekilde bir çok dizilimlemeyi aynı anda gerçekleştirebilirsiniz. 

Uygulamalı Girişimcilik Dersi, İstanbul Üniversitesi - 29 Nisan Salı 13:00

29 Nisan Salı günü sevgili Yrd. Doç. Dr. Neslihan Turgut Kara'nın Uygulamalı Girişimcilik dersine konuşmacı olarak davetliyim. Biyoinformatiğe ve girişimciliğe dair hikayemi paylaşacağım derste bu süreçte başımdan geçenleri ve bu yola girmek isteyenlere nacizane tavsiyelerimi anlatacağım. Eğer siz de katılmak isterseniz Neslihan Hanım'a ulaşarak (e-posta bilgisi için buraya bakabilirsiniz) katılım durumunun uygunluğunu öğrenebilirsiniz.

29 Nisan 2014 Salı 13:00

İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Biyoinformatik Yaz Stajı - 2014

AG Biyoinformatik bünyesinde her sene düzenlediğimiz staj programını bu sene yeni görevim dolayısıyla Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde (Kayseri) Haziran ayında yürütmeyi planlıyorum. Halihazırda seçilmiş "muhtemel meslektaşlarım"a ek olarak sınırlı sayıda kişiyi de bu blog dolayısıyla yapılacak başvurularla staja dahil etmeyi düşünüyorum. Başvurmak için ahmetrasit@gmail.com adresine kısaca bu stajda yer almayı neden istediğinizi ve bir özgeçmişinizi göndermenizi rica edeceğim. Mevcut durumda 2 kişiyi daha bu şekilde kabul edebileceğimizi tahmin ediyorum, bu nedenle başvurularınızı yapmakta acele etmenizi öneririm.

Biyoinformatik Eğitimleri ve İhtiyaçlarımız - Yol Haritası

Bu dizinin ilk yazısında bazı tespitlerimden bahsetmiştim, bir sonraki yazıda ise bu doğrultuda ihtiyaçları sıralamaya çalışmıştım. Bu yazıda ise muhtemel bir yol planından bahsetmek istiyorum. Açıkçası uzun bir süredir bu konuda bir fikir çilesi olarak adlandırılabilecek bir süreç yaşıyorum. 

Öncesinde, ancak yeni kavrayabildiğim bir durumu ifade etmem sanırım iyi olacak. Son bir ayda farkettiğim durum şu: İngilizce bilmek, zannettiğimden veya zannedildiğinden çok daha önemli bir etken, ve büyük bir ayrıma neden oluyor. İngilizce'ye okuduklarını anlayacak kadar dahi hakim birisi internette dolaşarak biraz uğraşarak da olsa bir şekilde yolunu buluyor ve biyoinformatiğe ilişkin kendini geliştirebilecek kaynaklara bir şekilde ulaşabiliyor; her ne kadar yönlendirmeye ihtiyaç duysa da boşlukları rahatlıkla doldurabiliyor. Ancak İngilizce konusunda kendini yetersiz birisi söz konusu olduğunda çok büyük bir bariyer var: temel düzeyde dahi yeterli Türkçe kaynak olmadığı için kişilerin şevki çabuk kırılıyor ve çok daha fazla miktarda çaba sarfediyorlar. Bu açığı şu sıralar Wikipedi'deki Türkçe biyoinformatik makaleleriyle bir miktar kapatmak mümkün ancak onların da çoğu orjinal makalelerin ufak ve temel kısımlarını kapsıyor, aynı zamanda Türkçeleştirme hatalarından da muzdaripler ve henüz tam anlamıyla kararlı bir yapı yok doğal olarak, biraz daha zamana ihtiyaç var.

6 Mart Perşembe - Biyoinformatik Buluşması - Erciyes Üniversitesi

6 Mart Perşembe günü saat 17:00'de Kayseri Erciyes Üniversitesi'nde biyoinformatikle ilgilenenlerin biraraya gelebileceği düzenli bir etkinlik başlatmayı planlıyorum. Saat 15:00'deki biyoinformatik dersimin ardından 17:00'de gerçekleşecek olan buluşmaya (ve dilerseniz öncesinde dersime de) biyoinformatiğe ilgi duyan, bu alana girmek isteyen veya bu alanda kendini geliştirmek isteyen herkesi bekliyorum. Bu blogdan duyup katılacakların e-postayla iletişime geçmesini rica ediyorum. Görüşmek üzere :)

6 Mart 2014 Perşembe 17:00

Erciyes Üniversitesi Genom ve Kök Hücre Merkezi Binası

Not: Böyle bir buluşmayı Ankara'da da gerçekleştirsek ne dersiniz? Muhtemel yer ve zaman önerilerinizi bekliyorum.

Yeni Nesil Dizilimleme [Next Generation Sequencing] Teknolojisine Bakış - 2 (SAGE Yöntemi)

Bir önceki yazımda, DNA'nın keşfedilişinden ve klasik dizilimleme yaklaşımı olan Sanger dizilimleme  (sekanslama | sequence) yönteminden bahsetmiştim. Bunun yanısıra, uygun teknolojiyi seçmenin ne kadar önemli olduğunu da toplu taşıma üzerinden örnekler vererek anlatmıştım.

Günümüzde çokça bilinmeyen ve bu nedenle de pek üzerinde durulmayan bir yöntemden bahsedeceğim bu yazımda. Hayalgücünüzü biraz zorlamanızı istiyorum: neredeyse tek yapabildiğiniz şey, elinizdeki DNA parçasını çok ufak (~800 bazlık) bölümler halinde okuyabilmek. Sonra birileri çıkıp (Edwin Southern) bir de hibridizasyon temelli bir yaklaşımla varlığını önceden bildiğiniz DNA parçalarını tespit etmek üzere bir teknik geliştiriyor, sene 1975. Elinizdeki en temel iki yöntem kabaca bunlar. Bunlar üzerine bir disiplin inşa etmek zorundaysanız, tüm şartları zorlarsınız.