Bir önceki yazımdan bu yana neredeyse bir buçuk ay olmuş; bu blogdaki yazıları takip eden siz değerli biyoinformatik meraklılarına bir özür borçluyum sanırım. Yılda ortalama iki kez kendimi şarj etmek veya zihinsel olarak yenilemek olarak adlandırabileceğim dönemlere giriyorum ve bu dönemlerde genelde içe dönük bir profil çiziyorum. Belki farketmişsinizdir, Ağustos ayında da benzer bir döneme girmiş ve ay boyunca sadece bir yazı paylaşabilmiştim. Yeni yılda kaldığım yerden devam etmeyi umuyorum. Yeri gelmişken, sizlere mutlu, başarılı ve sağlıklı bir yeni yıl diliyorum.
Bugünkü yazımda sizlerle bu dönemimde okuma fırsatı bulduğum kitaplardan 4'ünü paylaşmak istiyorum. İkisi İngilizce, ikisi Türkçe olan bu kitaplardan İngilizce olanlar O'Reilly yayınlarından. O'Reilly ve Manning yayınları bildiğim kadarıyla yeryüzündeki en iyi iki teknik içerikli yayınevi, kitaplarına göz atmanızı şiddetle öneririm.
Bahsetmek istediğim ilk kitap Bad Data Handbook. Son yıllarda büyük miktarlarda veri elde ediyoruz, ve neredeyse her disiplin bundan nasibini aldı. Aslında günümüzdeki biyoinformatik problemleri de, büyük verinin [Big Data] moleküler biyoloji ve genetik alanındaki yansıması sonucu ortaya çıkıyor, son zamanlarda da Yeni Nesil Dizilimleme/Sekanslama [Next Generation Sequencing] ile bol miktarda veri üretiliyor. Elde edilen verinin hangi teknolojiden ve hangi amaçla üretildiğinden bağımsız olarak, ortak olan bazı özellikleri var. Bu kitapta da aslında gerçek hayatta elde ettiğimiz verilerin ideal olmaktan çok uzak olduğu ve bu nedenle bu verilere nasıl yaklaşılması gerektiğine ilişkin birçok farklı uzmanın yine çok farklı konularda yazdığı kısa yazılar yer alıyor. Her ne kadar programlama altyapısı olanlar bu kitaptan daha fazla faydalanabilecek olsa da, herhangi bir programlama bilginiz olmasa dahi bu yazıların en az yarısının teknik bir altyapısı olmayanlar için bile rahatlıkla anlaşılabilir olduğunu sizlere söyleyebilirim. Yazıların neredeyse hepsi gerçek hayattan alınma problemler üzerine hazırlanmış ve bu nedenle de teorik olmaktan öte pratik çözümler ve yaklaşımlar sunuyor. Veri analiziyle uğraşan veya uğraşma ihtimali olan herkese öneririm.
Bahsetmek istediğim ikinci kitap Think Bayes. Bayes istatistiğini ilk kez üniversite ikinci sınıfta duymuştum ancak bir türlü tam manasıyla sindirerek anlama fırsatı bulamamıştım. Bu konuda yazılan kitapların neredeyse tamamı (en azından Bilkent Üniversitesi Kütüphanesi'ndekiler ve internette bulabildiklerim) ağır bir istatistiksel anlatımla işin mantığından öte matematiğini anlatıyordu. Birkaç öğrenme girişimimin hepsi bu nedenle hüsranla sonuçlanmıştı; işin mantığını anlamayınca matematiği de bir şey ifade etmiyor maalesef. Think Bayes adlı kitabı keşfettiğimde bir umutla elime aldım, O'Reilly'den yayınlandığını görmem de ayrı bir cesaret verdi. Kitap, Bayes istatistiğini programlama ile anlatıyor ve yazarın konuya yaklaşımı bence muhteşem; yıllar sonra nihayet aradığımı buldum :) Bayes istatistiği biyoinformatik analiz yaklaşımları açısından önemli bir alan ve bu konuyu iyice anlamak çok kıymetli, bu nedenle bu kitaba da bir göz atmanızı öneriyorum.
Gelelim üçüncü kitaba: Yalnızca Eğlenmek İçin. Linux'u dünyaya getiren Linus Torvalds'ın yazdığı bu kitapta, Linux dünyasının nasıl ortaya çıktığı anlatılıyor. Üzülerek söylemeliyim ki bu kitabı çok geç keşfetmişim; Türkçe çevirisi 2005 yılında yayınlanmış (kitabın bir kopyası ODTÜ kütüphanesinde mevcut). Biyoinformatik dünyasında geçerli olan işletim sistemi Linux'tur ve birçok kapsamlı analiz yazılımının Windows versiyonu dahi yoktur, Mac de bundan nasibini almıştır. Linux'un birçok farklı versiyonu mevcut, bunların en kullanıcı dostu olanı Ubuntu'dur diyebiliriz. UNIX/Linux felsefesinin açık kaynaklı yazılım geliştirme yaklaşımı ile birçok yazılımcının dünyaya bakışını derinden etkilediğini rahatlıkla söyleyebiliriz; bu nedenle Linux'un neye benzediğini anlamak için bu kitap mükemmel bir kaynak. Teknik bir altyapınız veya bu konuya merakınız yoksa bile yazılım dünyasını (ve analiz yazılımı geliştirenlerin de hangi motivasyonlarla hareket ettiğini) anlayabilmek adına bu kitaba bir şans vermenizi öneriyorum.
Sizinle paylaşacağım son kitap konu olarak biraz farklı gelebilir: İlk Marka Hz. Adem Mi? Dünyada sadece 30 yıl kadarlık bir zaman dilimi geçirdim; farkına vardığım (-ı düşündüğüm) şeylerden birisi, dünyadaki her şeyin bir şekilde bağlantılı olduğu. Yani, bir konu hakkında tam anlamıyla fikir sahibi olmak için, bağlantılı ya da bağlantısız başka bir konu hakkında da fikir sahibi olmak bence çok faydalı. Daha somut bir örnek vereyim: gen/protein etkileşim ağlarını [gene/protein interaction networks] anlayabilmek adına, sosyoloji ve/veya sosyal psikoloji konularında elde edeceğiniz bilgi birikimi fazlasıyla işe yarayacaktır ve boşlukları dolduracaktır. Sevgili Serhan Ok'un yazdığı bu kitapta da marka konusuna farklı bir referans noktasından bakılıyor ve bence biyoinformatiğin felsefi boyutuyla kurulabilecek birçok bağlantı var. Böyle bir bağlantı arayışında olmasanız dahi pazarlama konusunda bilgi edinebileceğiniz ve okuması fazlasıyla zevkli bir kitap, özellikle yazım dili çok hoşuma gitti. Mutlaka bir göz atmanızı öneririm.
Umarım bahsettiğim bu kitaplardan en az biri ilginizi çeker ve size bir fayda sağlar. Yorumlarınızı paylaşırsanız memnuniyet duyarım.
Sözün Özü:
Programlama alanında kendinizi geliştirmek için O'Reilly ve Manning yayınevlerinden çıkan kitaplar kolay anlaşılabilir ve kapsamlı olmaları açısından çok değerli kaynaklar. İşin felsefesi hakkında fikir sahibi olabilmek içinse biyografilere veya tarihsel bağlamı ön planda tutan kitaplara yönelmekte fayda var. Son olarak, bir konuyu anlayabilmek adına başka bir konuda elde ettiğiniz bilgiyle bağlantılar kurmaya başladığınızda ufkunuz fazlasıyla genişliyor.
Proje:
Sizin favori/başucu kitabınız nedir? Bu kitaptan/kaynaktan elde ettiğiniz bilgileri başka alanlarla ilişkilendiriyor musunuz?
Meraklısına:
Biyoinformatiğin tarihsel gelişimini İnsan Genom Projesi bağlamında okumak isterseniz Gen Savaşları'na (J. Shreeve) bir göz atabilirsiniz.